Den salige Eskil ble født rundt 1100 i Danmark, muligens i Skåne, som den gang var en del av Danmark. Han var av fornem herkomst og i slekt med det danske kongehuset. Han var sønn av Christian (Christiern) Svendsøn, som kom fra den mektige jyske stormannsslekten Thrugotsønnene, som på 1100-tallet kjempet med Hvide-slekten om kongemakten i Danmark. Blant andre Eskils etterfølger som erkebiskop, Absalon, hørte til Hvide-slekten. Vi vet lite om Eskils tidlige liv, men som tolvåring ble han sendt utenlands og tilbrakte en god del tid der. Han var først i Hildesheim i Sachsen, hvor han studerte ved katedralskolen med en geistlig karriere som mål, og deretter i cistercienserklosteret Clairvaux i Frankrike. Der sluttet han et nært vennskap med den hellige Bernhard av Clairvaux. Det er ikke klart hvor og når han ble presteviet, men etter at han rundt 1130 vendte tilbake til Danmark, ble han i 1131 utnevnt til prost ved domkapitlet i Lund, hvor hans onkel Asser (Asker) var byens erkebiskop.
Lund i Skåne var på midten av 900-tallet etablert som et suffraganbispedømme under Hamburg-Bremen, og det forble det i rundt 150 år. Men i 1104 ble det et selvstendig erkebispedømme med Asser som Danmarks første erkebiskop og leder for den nyopprettede nordiske provinsen. Kong Erik I Eiegod (1095-1103) reiste selv til Roma og fikk pavens stadfestelse. Deretter ville han fortsette som pilegrim til Jerusalem, men kom ikke lenger enn til Kypros, hvor han fikk byllepest og døde.
I slaget ved Fotevik i Skåne i 1134, hvor kong Erik II Emune (1134-37) drepte det andre danske kongsemnet, Magnus Nilssøn, kjempet Eskil på Erik Emunes side. Rett etterpå ble kong Nils av Danmark, Magnus' far, også drept. Senere samme år ble Eskil utnevnt til biskop i Roskilde på Sjælland på befaling av den nyvalgte kong Erik Emune. Men freden mellom Eskil og kongen varte ikke lenge, for Eskil og stormannen Peter Bodilsen startet et opprør på Sjælland. I første omgang ble kong Erik fordrevet fra Sjælland, men Eskil og Peter greide ikke å beseire kongen i det lange løp. Eskil måtte på grunn av dette opprøret betale store bøter til kongen. Grunnen til at de startet opprøret, er ikke kjent den dag i dag.
Erkebiskop Asser døde den 5. mai 1137 og ble gravlagt i Lunds domkirke. Ved valget av ny erkebiskop sto det to kandidater på listen, biskop Rig av Slesvig og biskop Eskil av Roskilde. Rig var kong Erik Emunes mann, mens Eskil hadde gjort opprør mot kongen og til og med drevet ham bort fra Sjælland. Rig ble derfor valgt til embetet, men den mektige sjællenderen Peter Bodilsen sørget likevel for at det ble Eskil som ble den andre erkebiskopen av Lund.
Eskil sendte sin kapellan Herman fra Roskilde til paven for å forsøke å bevirke at Lund igjen ble erkestift for hele Norden. Presten Herman klarte i 1138 å få paven til igjen å anerkjenne Lund som erkestiftstad over Norden. Keiser Lothar III (1125-37; keiser fra 1133), som hadde degradert Lund i forhold til Hamburg, var nettopp død, noe som åpnet muligheten til forandringer. Herman brakte med seg palliet hjem til Lund, og i august 1138 ble Eskil ikledd dette hellige embetstegnet.
Kong Erik II Emune ble den 18. september 1137 myrdet på tinget i Ribe av Plog, en mann i sin hird. Kongens søstersønn Erik III Lam (1137-46) ble ny konge. Han var sønn til den jyske herremannen Håkon og Erik I Eiegods (1095-1103) frilledatter Ragnhild.
Erkebiskop Eskil samlet i 1139 de nordiske biskopene til en provinsialsynode i Lund. Til stede er biskopene Herman av Slesvig, Rig av Roskilde, Sven av Viborg, Nothald av Ribe, Silvester av Børglum, Gislo av Linköping, Sigvard av Bergen og Orm av Færøyene. Synoden presideres over av pave Innocent IIs utsending Theodignus Dietwin, kardinalbiskop av Porto og Santa Rufina. Erkestolen i Lunds selvstendighet fra stolen i Hamburg-Bremen ble bekreftet.
Erik Eiegods sønnesønn Oluf II Haraldsøn stilte seg i spissen for et opprør i Skåne. Oluf var den eneste overlevende av sønnene til kongesønnen Harald Kesjas, som ble myrdet i 1135. Oluf lot seg i 1139 utrope til dansk konge av skåningene, til tross for at fetteren Erik III Lam allerede var konge. Han avsatte biskop Eskil i Lund og satte inn en skånsk prest som erkebiskop. Erkebiskop Eskil forsøkte å slå ned det skånske opprøret mot kong Erik III Lam, men led nederlag og ble tvunget til å flykte til Sjælland. Eskil forsøkte da å invadere Skåne, men ble slått igjen. I 1140 tok Eskil og kong Erik III Lam seg over til Skåne med en hær, og gjennom et nattlig flåteangrep lyktes kongen i å overrumple Oluf, som flyktet. Den falske erkebiskopen ble hengt.
I 1142 vendte opprørslederen Oluf Haraldsøn tilbake til Skåne og beseiret kong Erik III Lams hær ved Lund. Han dro over til Sjælland, men ble slått ved Gentofte og ble tvunget til å flykte til Halland. Snart er han igjen i Skåne. Men i 1143 falt han i kamp mot kong Erik III Lam i slaget ved Tjutebro like nord for Råån i Skåne. Kong Erik III Lam hadde dermed sikret seg makten over hele Danmark inklusive Skåne. Men i 1146 var Erik blitt svekket av en febersykdom, og som den eneste kongen i danmarkshistorien ga han avkall på tronen og ble munk i benediktinerklosteret St. Knud i Odense. Der døde han senere samme år, den 27. august 1146.
Sven III Grathe, frillesønn etter Erik Emune, ble valgt til konge i Skåne og på Sjælland. Det virker imidlertid ikke som erkebiskop Eskil støttet Sven Grathes kandidatur. I Jylland ble samtidig sønnen til Magnus Nielsen, som falt ved Foteviken i 1134, Knut III, valgt til konge og riket ble delt. Dette ble innledningen til en slektskamp som herjet Danmark frem til 1157.
Denne borgerkrigen slet Danmark i stykker mellom tredje generasjon av kong Sven Estridssøns ætlinger, danmarkshistoriens så berømte trekløver «Svend, Knud og Valdemar», de tre kongsemnene Sven (sønn av hevneren av mordet, Erik Emune), Knut (sønn av morderen, Magnus) og Valdemar (sønn av den myrdede, Knut Lavard). Borgerkrigen skulle først slutte med Valdemars seier i 1157.
I 1147 meglet erkebiskop Eskil mellom de to kongene Sven III Grathe og Knut III. Ett felles krigstog mot de hedenske venderne mislyktes, og under krigstoget lider flåten lider et alvorlig nederlag. Feiden brøt ut igjen da Sven utnevnte den myrdede Knut Lavards sønn Valdemar til hertug i Slesvig, for Knut III betrakter dette området som sitt.
Sven III Grathe utøvde et voldsstyre i Skåne i likhet med det som hans far Erik Emune hadde gjort. Hans konflikt med erkebiskop Eskil medførte at Eskil i 1148 ble fengslet. Det fortelles at kongens menn heiste Eskil opp i en korg under velvet i Lunds domkirke, og andre sier at Eskil ble låst inne i et av domkirkens tårnrom.
I den danske borgerkrigen led Knut III i 1151 nederlag under et slag ved Viborg i Jylland og måtte flykte fra landet. I juni 1152 samlet den tyske keiseren Fredrik Barbarossa fyrster og stormenn i Merseburg. Begge de danske kongene Knut III og Sven III Grathe er med. Sven, som ble hyllet som konge i blant annet Skåne, fikk keiserens støtte, og han antok keiseren som lensherre og bar sverdet foran ham i en høytidelig prosesjon. Rivalen til den danske kronen, Knut III fikk av keiseren bare Sjælland som eget len.
I 1154 brøt det ut uroligheter i Skåne, rettet mot kong Sven III Grathe. På et ting ble kongen møtt av hånfulle rop og steinkasting. Som hevn brente han noen skånske bondebyer. Valdemar allierte seg med Knut III gjennom å trolove seg med dennes søster Sofie og han hylles på Viborg ting som medkonge til Knut. Danmark hadde dermed tre samtidige konger og situasjonen var forvirret. Erkebiskop Eskil møtte Valdemar og Knut i Viborg. Han dro deretter over til Sjælland med en hær og forhandlet med den tredje kongen, Sven. Sven flyktet med sine tropper til utlandet.
Borgerkrigen svekket rikets tilstand og gjorde landet sårbart overfor tysk inngripen i riket. Danske stormenn tvang derfor i 1157 gjennom et forlik. De tre kongene Sven III Grathe, Knut III og Valdemar møttes til fredssamtaler på Lolland. Riket ble delt i tre deler: Sven fikk Skåne, Valdemar Jylland og Knut Sjælland og Fyn. Tre dager senere holdt Sven et gilde på kongsgården i Roskilde for å feire forliket. Men på dette såkalte «blodsgildet» forsøkte Sven å myrde sine to medkonger. Mens Knut ble drept, klarte Valdemar å unnslippe til Jylland. Der feiret han bryllup i Viborg med Sofie, søster av den myrdede Knut III.
Sven førte den skånsk-sjællandske hæren til Jylland, men ved et slag på Grathe Hede ved Viborg få måneder senere seiret Valdemar. Sven ble drept av jyske bønder da han flyktet etter slaget og ble skjendig gravlagt der på heden. Dermed ble Valdemar i 1157 enehersker i Danmark som kong Valdemar den Store (1157-82).
Eskils embetstid ble preget av forsøk på å føre den danske Kirken opp på et allment europeisk nivå, blant annet gjennom grunnleggelse av mange klostre. Eskil var en mann av inderlig fromhet og glødende begeistring for Kirken som ledet sitt erkestift i over førti år. Han presiderte over Kirken i regionen i en periode med konsolidering. Han gjorde en innsats for den gregorianske reform og kirkelig frihet og klarte å skape harmoni mellom kirke og stat.
I Herrevad i nordre Skåne grunnla erkebiskop Eskil i 1144 et cistercienserkloster med hjelp av innkalte brødre fra Cîteaux. Klostret kom til å bli svært rikt. Han fullførte også den storslagne romanske katedralen i Lund, som kong Knut II den Hellige (1080-86) bare hadde lagt grunnen til på 1080-tallet. I 1145 ble domkirkens høyalter vigslet av Eskil under stor pomp og prakt. Ved vigslingen var den gamle arkitekten Donatus død og Regnerus hadde overtatt. Domkirken ble vigslet på St. Egidius' dag (1. september), en lørdag. I Lund var samlet «et stort antall biskoper, fyrster, adelige, klerus og menighet». Fra Sverige kom biskopene Gislo av Linköping og Ödgrim av Skara, fra Danmark biskopene Asser av Roskilde og Herman av Slesvig. Kongeslekten var representert av Sven Grathe og Knut Magnussøn. Eskil viet kirken og høyalteret til jomfru Maria og St. Laurentius og han hadde anskaffet mange relikvier. Erkebiskopen viste dem frem og la dem deretter på høyalteret. Biskop Gislo innviet deretter samme dag det sørlige alteret i domkirken til martyrene Vincent og Alban. I 1146 ble domkirkens nordre sidealtere vigslet.
Eskil viste også en ivrig interesse for munkevesenet, som han ønsket å fremme på enhver måte. Han innkalte flere ordener til Danmark: cisterciensere, premonstratensere, karteusere og Johannitter, som grunnla klostre både i Skåne og på Sjælland. En gang etter 1145 grunnla Eskil et nonnekloster like utenfor og vest for Lund, viet til Jomfru Maria og Peter. Den første priorinnen var Christina. Selve klosterkirken er bevart til våre dager. I 1152 besøkte Bernhard klosteret i Esrom på Sjælland. Gjennom sitt vennskap med Bernhard var Eskil nesten sikkert ansvarlig for å bringe de første cistercienserne til det som nå er Sverige i 1143. Det første klosteret de etablerte, Monasterium beatae Mariae de Alvastro, var i Alvastra i Östergötland. Deretter grunnla de et kloster i Nydala, lenger nord i Småland, og dette ble fulgt av andre.
Munkene ga et svært viktig bidrag til utviklingen av kristendommen i Sverige. Et av deres favorittvirkemidler i overlevering av troen synes å ha vært den gregorianske sangen, og det er bevart et stort antall liturgiske hymner skrevet i denne perioden, noe som er et vitnesbyrd om deres popularitet. Men med støtte fra flere etterfølgende konger ga de også et viktig kulturelt bidrag til landet, og de ga videre teknikkene de mestret på slike områder som bygging, jordbruk og hagebruk, samt i mer intellektuelle sysler.
Det var mens Eskil var erkebiskop at Sverige og Norge for første gang ble besøkt av en pavelig legat. For i 1152 bestemte paven seg for å dele erkebispedømmet Lund for på den måten å minske den tyske keiserens muligheter til å utøve makt mot Kirken under den danske borgerkrigen. Sommeren 1152 kom den engelske kardinalen Nikolas Breakspeare, kardinalbiskop av Albano, som to år senere skulle bli pave som Hadrian IV (1154-59), til Norge for å gjennomføre en plan om at Sverige og Norge skulle bli egne kirkeprovinser. Planen ble straks gjennomført for Norge, og ulike kirkelige områder, inkludert deler av erkebispedømmet Lund, ble lagt inn under det nyopprettede erkebispedømmet Nidaros (Trondhjem).
Men i Sverige var Kirken underlagt kongens autoritet, og han anerkjente ikke pavens. På et stort kirkemøte i Linköping i 1153 diskuterte kardinal Breakspeare med den svenske kongen Sverker d.E. om etableringen av et eget svensk erkestift, atskilt fra erkebiskopen i Lund. Sverker vil trolig ha stiftstaden i Östergötland. Men svenskene måtte vente enda noen år på sin fullstendige kirkelige uavhengighet ved opprettelsen av erkebispedømmet Uppsala i 1164.
I 1153 dro erkebiskop Eskil og besøkte sin venn og betydningsfulle kirkeleder Bernhard av Clairvaux. Han ba om å få bli opptatt som munk i klosteret, men Bernhard avslo og påpekte at hans tjeneste som erkebiskop ville tjene Kirken som helhet bedre. Gjennom Bernhards støtte hos paven, den salige Eugenius III (1145-53), klarte han å forhindre at erkebiskopen av Hamburg-Bremen, Hartwig I, lyktes i et siste forsøk på å sammen med kong Sven III Grathe og den tyske keiseren igjen få tilbake myndigheten over den nordiske Kirken og legge erkestiftet i Lund under erkebiskopen i Hamburg. Etter Bernhards død i 1153 reiste erkebiskop Eskil i 1155 til Roma via et besøk ved Bernhards grav i Clairvaux for blant annet å forsøke å få pave Hadrian IV (1154-59) til ikke å skille ut Sverige fra erkestiftet i Lund. Paven ratifiserte alle Eskils erkebiskoppelige rettigheter, men han ville likevel opprette et eget erkestift for Sverige, men erkebiskopen i Lund skulle være dets «primas», det vil si ha overhøyhet.
På hjemveien ble imidlertid Eskil tatt til fange i Burgund på ordre av den tyske keiseren Fredrik I Barbarossa (1152-90), og man forsøkte å få løsepenger av ham. Paven henvendte seg til keiseren for å få satt Eskil fri. Men keiseren fortok seg ikke noe, for Eskil ble regnet som en fiende av Tyskland, ettersom opphøyelsen av Lund til metropolittsete hadde beskåret rettighetene til Hamburg-Bremen. Dette førte til en splittelse mellom den kirkelige verdensmakten og keisermakten.
Først i 1158 ble erkebiskop Eskil løslatt fra sitt fengsel av den tyske keiseren, og han var tilbake i Lund før den 18. april. Der fant han at Valdemar den Store (1157-82) var blitt enehersker. Samme år døde biskop Asser av Roskilde og kong Valdemar den Store fikk barndomsvennen Absalon valgt til biskop.
Eskil hadde et konfliktfylt forhold til kong Valdemar den Store. Erkebiskopen var en forkjemper for de gregorianske kirkeidealene, og håndhevelsen av disse idealene gjorde at han til tider havnet i strid med kongen, men han inngikk aldri noen kompromisser på Kirkens og hans egne interesser og ambisjoner.
I 1159 døde pave Hadrian IV og en lang strid om paveverdigheten startet. Den tyske keiseren Fredrik Barbarossa støttet sin kandidat, motpave Viktor IV (1159-64), mens den andre kandidaten, Alexander III (1159-1181), flyktet til Frankrike. Kong Valdemar den Store av Danmark sluttet seg til keiseren, mens erkebiskop Eskil i Lund holder på den rettmessige paven Alexander. En mann ved navn Occo ble utpekt av Victor til biskop i Slesvig, og Eskil lyste ham i bann. Kampen mellom den danske kongen og erkebiskopen blusset da opp for alvor.
I 1161 flyktet Eskil fra Skåne til Värend i Södra Småland, og Eskils store borg Søborg på nordre Sjælland kom samtidig gjennom forræderi i kongens hender. Fem danske biskoper slutter seg også til kong Valdemar. Senere i 1161 dro Eskil i frivillig eksil, et seks år langt utlandsopphold som kom til å føre ham til Jerusalem, Italia og Roma og til Frankrike. Han oppsøkte pave Alexander III i Sens og for en tid gjorde han Clairvaux til sin base.
I 1162 ble kong Valdemar den Store tvunget til å hylle den tyske keiseren Fredrik I Barbarossa som sin lensherre og også offentlig hylle keiserens pave Viktor. I kongens selskap hos keiseren er hans fortrolige Sune (sønn av Ebbe Skjalmsøn), Absalon og Esben (begge sønner av stormannen Asser Rig). Valdemar begynner imidlertid samtidig å bygge den såkalte Valdemarsmuren ved Jyllands sørgrense. Kongen foretar også krigstog langs den pommerske kysten og byen Wolgast erobres.
I 1164 slo den landsflyktige erkebiskop Eskil seg ned i klosteret Saint-Marcel og det høyt ansette klosteret Saint-Victor i Paris. Samme år ble Sverige gjort til eget erkebispedømme med sentrum i Gamle Uppsala, en beslutning som var tatt i Sens i 1161 av den da landflyktige Alexander. Erkestiftet ble satt under erkebiskopen i Lunds overoppsyn. Cisterciensermunken Stefan fra Alvastra ble den første erkebiskopen, og Eskil vigslet Stefan i nærvær av pave Alexander III i Sens. Paven oppfordret svenskene til misjon blant finner og estlendere, og det var første gang en pave mante svensker til korstog.
I 1164 døde motpave Viktor IV, og etter det begynte Valdemar den Store i 1165 å svinge sine sympatier til fordel for den landsflyktige pave Alexander III. På denne tiden grunnla erkebiskop Eskil fra sitt eksil Trefoldighetsklostret i Öved som tilhørte premonstratenserne. På slutten av 1100-tallet ble det omtalt som Insula Sanctae Trinitatis. Eskil skjenkte erkebiskopstiendene fra Skytts og Bara herreder i Skåne til klostret.
Da kirkestriden var stilnet av, skrev pave Alexander III til kong Valdemar og rådet ham til å forsone seg med sin erkebiskop, som «var en mann av stor fromhet og forstand, inderlig hengiven til kongen og sitt fedreland». Høsten 1167 kunne Eskil vende tilbake til Lund etter seks års landflyktighet i Frankrike.
I perioden 1167-1171 utformet erkebiskop Eskil den skånske kirkeloven, et viktig dokument som regulerte Kirkens forhold til sine omgivelser, og i 1171 ble den også gjort gjeldende for Sjælland. I 1172 bestemte erkebiskop Eskil sammen med abbeden i klostret Saint-Remi i Reims at en klosterbroder Fulko skal lede et kristent misjonstog mot esterne. I krigståget skal dansker, nordmenn, svear og göter delta. Ettersom Fulko ikke kunne språket, ble det utsett en tolk til å følge med, Nikolas, en munk av estisk byrd. Fulko kom til Lund, men man vet ikke hva som skjedde med prosjektet.
I 1159 hadde kong Valdemar den Store samlet den skånske og sjællandske flåten til et sjøfelttog mot venderne. Men det mislyktes da flåten ble rammet av en storm. I stedet for å angripe Rügen herjet man området Barth. Men dette felttoget ble begynnelsen på forsøkene på å knuse de vendiske sjørøverne som herjet Danmarks kyster.
Under ledelse av kong Valdemar den Store og biskop Absalon ble det i 1169 rettet et suksessfullt korstog mot vendernes hovedstad Arkona på Rügen. Borgen ble inntatt og det hedenske templet med avgudsbildene ødelagt, blant dem trestatuen av krigsguden Svantevit med de fire hoder, far til alle andre guder, som de vendiske folkene bekjente seg til. Innbyggerne fikk velge mellom å døpes eller å henrettes. Senere gikk Absalon sammen med Valdemar også løs på resten av Rügen, Pommern og andre naboer som de to anså for å være potensielt truende for et Danmark som på det tidspunktet drømte stormaktsdrømmer og som derfor også oppførte seg som en stormakt. De gjorde Rügen og deler av Pommern til danske besittelser, og vendernes hersker måtte anerkjenne Valdemar som konge. Erkebiskop Eskil deltok selv i biskop Absalons erobring av Arkona og hærtoget til Pommern, så han følte seg ung igjen i kampen mot hedningene.
Eskil vendte til slutt tilbake til Lund i 1170 og utførte sine biskoppelige plikter i enda syv år. Sammen med erkebiskop Eskil oppnådde kong Valdemar i 1169 også sin fars helgenkåring hos pave Alexander III, støttet av de mange påfallende helbredelsene som skjedde ved hans grav, samt de vitnesbyrd som deputasjonen avla hos paven, ledet av den svenske erkebiskop Stefan. Pavens brev med helligkåringen er bevart. Der nevnes ikke martyrdøden, men de mange miraklene.
Den 25. juni 1170 samlet Valdemar den Store Danmarks fremste i Ringsted kirke på Sjælland. De jordiske restene av den hellige Knut Lavard ble skrinlagt og satt på høyalteret av erkebiskop Eskil. Samtidig kronet Eskil Valdemars sønn og Knut Lavards sønnesønn, den syvårige Knut VI til medregent, kledde ham i purpur og satte ham på tronen, en handling som for bestandig gjorde utslaget for den nye kongeslekten.
Mot kong Valdemar den Stores ønske bega erkebiskop Eskil seg i 1174 ut på en lengre utenlandsreise til Frankrike. Der førte han blant annet en prosess mot en abbed som hadde stjålet en stor mengde sølv som var deponert i et kloster. Høsten 1176 kom erkebiskopen tilbake til Lund.
Erkebiskop Eskil var i 1177 blitt så gammel og utslitt at han ba paven om å få trekke seg tilbake for å gjøre det han hele tiden hadde ønsket, nemlig å tilbringe sin siste tid som munk i Clairvaux. Paven innvilget dette ønsket. I april ble det holdt et stort møte i Lunds domkirke, hvor kong Valdemar og alle rikets biskoper var til stede. Der leste Eskil opp det pavebrevet hvor han hadde fått pavens tillatelse til å abdisere. Paven ga ham også tillatelse til selv å foreslå hvem som skulle etterfølge ham.
Da Eskil foreslo Absalon som sin etterfølger, vegret Roskildes biskop seg på det mest bestemte å påta seg vervet. Men da Eskil spurte de tilstedeværende hvem de ville utnevne, ropte alle Absalon. Etter noen tumultaktige scener i Lunds domkirke ble Absalon valgt. Men ikke før paven befalte ham å motta erkesetet i Lund og dessuten tillot ham å beholde Roskilde stift, ga Absalon seg (han var biskop av Roskilde til 1191). Å inneha begge bispesetene var uhørt, men et godt bevis på den makt som Absalon etter hvert hadde fått i samfunnet.
Absalon førte Eskil til Slesvig på sitt skip. Han tilbød ham en sølvskål som avskjedsgave, men Eskil avslo. Eskil dro for å gjøre det han hele tiden hadde ønsket, nemlig å tilbringe sin siste tid som menig munk i Clairvaux. Der døde han den 6. september 1182, over 80 år gammel, og ble gravlagt ikke langt fra Bernhards hvilested ved alteret i kirken: «Her hviler hr Eskil, Danmarks biskop, deretter munk i Clairvaux». Hans minnedag er dødsdagen 6. september.