Den salige Eugenius III het opprinnelig Bernardo Paganelli og ble født i Montemagno i Pisa av uidentifiserte, men alminnelige foreldre. Han var kannik ved katedralen i Pisa og trolig prior i kamaldulenserklosteret S. Zeno i 1128 og var administrator av setet sent i 1130-årene. Da møtte han abbed Bernhard av Clairvaux, og det medførte en radikal forandring. Han ble sterkt grepet av St. Bernhard og frasa seg sine høye embeter for å bli cisterciensermunk hos ham i Clairvaux. Da Innocent II ba Bernhard sende cisterciensere til Roma, var det Bernardo som ledet munkene og ble abbed i cistercienserklosteret Ss Vincenzo ved Anastasio utenfor Roma. Det tiltrakk seg mange kall, og klosteret blomstret da Bernardo ble valgt til pave
Etter at pave Lucius II døde den 15. februar 1145, muligens av skadene han fikk i kampene om Kapitol, trakk kardinalene seg tilbake til klosteret S. Caesarius på Palatin-høyden. Der var de beskyttet av Frangipani-partiets våpen og kunne skynde seg å velge ny pave allerede samme dag på grunn av uroen i Roma. Det overraskende valget falt på Bernardo, som ikke var kardinal. Han tok navnet Eugenius III.
Uforstyrret kunne han ta Lateranet i besittelse, men han kunne ikke konsekreres i St. Peterskirken, siden han nektet å godkjenne byens republikanske forfatning. Pavekroningen ble derfor foretatt den 18. februar i det gamle abbediet Farfa 40 km nord for Roma, som paven hadde flyktet til.
Da Bernhard av Clairvaux hørte om valget, ble han rystet over at kardinalene skulle ha valgt en slik uerfaren, monastisk mann. Men den nye paven, som han inntrengende ba om å gjennomføre en radikal reform av Kirken, skulle vise seg å være mer habil enn han regnet med. Eugenius var den første cistercienser som ble pave, og han la aldri av seg en enkel munks drakt og livsstil. Han var en mann av virkelig hellighet; ydmyk, vennlig og munter. Om han var streng, var han prinsippfast, som da han avsatte erkebiskopene av Mainz og York. Han oppnådde mye for Kirken, men kunne ha gjort mer om det ikke hadde vært for problemene i Roma.
For i Roma kom det til alvorlige sammenstøt. Eugenius hadde i mellomtiden trukket seg tilbake til Viterbo. Med støtte fra adelen og borgerne i Tivoli lyktes det ham å sperre veiene inn til Roma og dermed avskjære tilførselen av matvarer. Han bannlyste også patricius Giordano Pierleoni.
Disse tiltakene gjorde at romerne ba om forhandlinger. Den 18. desember 1145 ble det sluttet fred i Sutri hvor romerne anerkjente pavens overhøyhet. I stedet for en patricius kom igjen pavens byprefekt. Senatet fikk bestå, men dets medlemmer måtte godkjennes av paven etter sitt valg. Julen 1145 kunne Eugenius III vende tilbake til Roma. Men freden var av kort varighet, og i slutten av januar 1146 måtte paven trekke seg tilbake til Trastevere, derfra dro han til Sutri og videre til Viterbo.
Et lavt århundre etter det første korstog begynte det å gå riktig dårlig for de kristne i Syria. De trengte hjelp mot de vantro, som tok fra dem den ene besittelsen etter den andre.
Mens Eugenius var i Viterbo i 1145, hadde han hørt om tyrkernes erobring av korsfarerutposten Edessa (Urfa i Sørøst-Tyrkia) den 23. desember 1144, og han hadde også mottatt en delegasjon av armenske biskoper som søkte støtte mot Bysants. Vekket til aksjon sendte han en bulle den 1. desember 1145 som proklamerte det annet korstog, til Ludvig VII av Frankrike (1137-79) og adelsmennene i Frankrike. Frankrike hadde jo også sterkt tatt del i det første korstoget, 50 år tidligere. Våren 1146 seilte han over til Frankrike, hvor også Innocent II i sin tid hadde søkt tilflukt, for å sette fart i forberedelsene.
Den unge og dypt religiøse franske kongen var positiv til korstogsplanen. Han hadde tidligere avlagt korstogsløfte for å sone for en forferdelig hendelse på en av de krigene han førte: En kirke full av flyktninger var brent ned til grunnen. Den 6. mars 1146 fornyet Eugenius sin bulle og ga Bernhard av Clairvaux i oppdrag å lede vervingen i Frankrike. Det lyktes Bernhard gjennom sine medrivende og overbevisende prekener å finne mange frivillige, og påsken 1046 festet kongen og mange franske adelsmenn korset på sine skuldre som tegn på korstogsberedskap. Det ble bestemt at korstoget skulle starte i 1147. Eugenius lovte alle deltakerne full avlat og ga deres familier sin personlige støtte.
Eugenius hadde begrenset sin korstogsappell til Frankrike, siden han trengte kong Konrad III av Tyskland (1138-52) til å hjelpe seg mot de revolusjonære romerne og Roger II av Sicilia (1095-1154). Men gjennom Bernhard ble korstogsbevegelsen et europeisk anliggende, og etter en av hans gripende prekener ble også Konrad og det tyske riket vunnet for deltakelse i korstoget. For paven var denne beslutningen en skuffelse, men han hadde ikke noe annet valg enn å gi sin motvillige godkjennelse.
Korstoget startet i pinsen 1147, det mest imponerende av korstogene i sitt omfang, og igjen valgte man landeveien. Men korstoget endte med fiasko. Den tyske hæren med kong Konrad i spissen ble slått i Lilleasia og tvunget til å snu. Hæren under Otto av Freising ble også sprengt, og bare rester av det tyske korstoget nådde Jerusalem. Også franskmennene led store tap allerede på veien til Jerusalem. Ludvig og Konrad nådde Jerusalem, men mer som pilegrimer enn krigsmenn.
Skuffelsen over fiaskoen var stor, og det gikk spesielt ut over paven og Bernhard av Clairvaux. Paven var spesielt skuffet fordi han hadde håpet at korstoget ville bidra til forsoning med østkirken. Eugenius forble kjølig overfor planer om et korstog mot Bysants, fremmet av Roger av Sicilia og Ludvig VII i 1150, selv om han ble bebreidet for det av Bernhard.
Eugenius fulgte Bernhards råd og ble en glødende reformator, som alltid kjempet for å heve de klerikale og monastiske standardene. På høyden av sin makt holdt han viktige synoder i Paris (april-juni 1147), Trier (vinteren 1147/48) og Reims (mars 1148). I tillegg til å vedta reformbestemmelser behandlet de slike doktrinære temaer som ortodoksien til den realistiske skolastikeren Gilbert de la Porrée (ca 1083-1154), og hans trinitariske påstander ble fordømt. Visjonene til Hildegard av Bingen (1098-1179) ble anerkjent.
Eugenius mottok en utsending fra de katolske armenerne, og han sendte dette tapre folket et instruksjonsbrev. Han arrangerte også diskusjoner med grekerne.
Eugenius intervenerte med styrke i England, der han støttet erkebiskop Theobald av Canterbury (1138-61) i hans forbindelser med kong Stefan (1135-54) og avsatte Vilhelm Fitzherbert (den hellige Vilhelm av York; død 1154) fra setet i York. Han styrket Den hellige Stols bånd til Irland, som han utstyrte med fire metropolittseter.
I sin invitasjon til synoden i Reims utla han doktrinen at Kristus gjennom St. Peter hadde gitt paven den øverste autoritet i verdslige så vel som åndelige saker. Det var på hans oppfordring at Burgundio av Pisa laget latinske oversettelser av visse prekener av Johannes Krysostomos og av Johannes av Damaskus' avhandling De fide orthodoxa.
Eugenius vendte tilbake til Italia i juni 1148, og i Cremona den 15. juli ekskommuniserte han den radikale reformatoren og augustinerkorherren Arnold av Brescia (død 1155) og forbød presteskapet i Roma enhver forbindelse med ham. Etter å ha blitt benådet av Eugenius i 1146 hadde Arnold alliert seg med den romerske kommunen. Han angrep særlig kardinalene, og han kalte kardinalkollegiet en røverhule på grunn av deres stolthet og fordervethet. Hans angrep rettet seg også mot paven, som han mente ikke var en apostolisk sjelehyrde man trengte å vise lydighet.
Men paven kunne ikke slå ned opprøret i Roma med ekskommunikasjoner. Derfor kom det til forhandlinger med Roger II, som allerede i 1148 lot paven disponere en del av sine tropper i kampen mot romerne. Men pavens forsøk på å erobre Roma ble mislykket. Først i desember 1149 kom det til en avtale hvor han ble tillatt å vende tilbake til Roma med militær hjelp fra Roger av Sicilia.
Men den fiendtlige atmosfæren tvang ham til å forlate byen igjen etter seks måneder. I juli 1150 møttes han og Roger i Ceprano til samtaler i en vennskapelig atmosfære. Men dette førte til et dårligere forhold til det tyske kongehoffet, noe som ble forsøkt utnyttet av makthaverne i Roma.
Men paven begynte nå forhandlinger med Konrad III, som også kommunen hadde henvendt seg til, og på riksdagen i Regensburg i juli 1151 offentliggjorde Konrad at han skulle dra til Roma for å motta keiserkronen. På riksdagen i Würzburg i september 1151 ble Romareisen bestemt til 8. september 1152. Men den 15. februar 1152 døde kong Konrad uventet i Bamberg.
Konrads brorsønn og etterfølger, Fredrik I (1152-90) nedstammet på morssiden fra Henrik IV. Han var selv hohenstaufer, men var beslektet med welferne og fikk i stand en forsoning mellom de to slektene. Kreftene ble forent i kamp utad.
Barbarossa («Rødskjegg»), som de italienske undersåttene kalte ham, sendte etter sitt valg utsendinger til paven som annonserte valget og lovte ham og den romerske kirke støtte. Han søkte ikke godkjennelse av sitt valg, men i sitt svar ga Eugenius den, i tillegg til å tilby ham keiserkronen. Til tross for innledende motsetninger mellom pave og keiser ble det på riksdagen i Würzburg i oktober 1152 avtalt at Fredrik skulle foreta et hærtog til Italia. I november/desember 1152 forhandlet en tysk delegasjon med paven.
Etter forhandlinger med romerne og megling av kongens utsending kunne paven endelig ved slutten av 1152 vende tilbake til Roma.
Resultatet av forhandlingene med de tyske utsendingene var en avtale som ble godkjent av Fredrik den 23. mars i 1153 i Konstanz. Begge parter lovte å beskytte og garantere den andres «ære», det vil si suverenitetsrettigheter, og å ikke gjøre noen territoriale konsesjoner til Bysants. Fredrik forpliktet seg til å ikke slutte noen fred med de romerske borgerne eller normannerne uten pavens tilslutning, og han lovte også at romerne skulle underkaste seg paven. Eugenius lovte Fredrik keiserkroning så snart han kom til Roma. Men før dette kunne gjennomføres, var paven død.
Eugenius hadde vært heldig i å ha en mektig og trofast venn og rådgiver i Bernhard av Clairvaux, som hadde vært hans lærer. Bernhard hadde sett Guds verk i valget av Eugenius, og av paven ventet han en reform i Kirken, fremfor alt i kurien. Bernhard tilegnet ham avhandlingen De consideratione i fem bøker, et «pavespeil» med bilde av idealpaven og pavens plikter, hvor han forkynte at paven skulle gi avkall på makt og at han skulle motarbeide kirkelig verdsliggjøring. «Kirken bør være som den var i fordums tid, da apostlene kastet ut sine garn, ikke for å fange gull og sølv, men menneskesjeler». Men omfanget av Bernhards innflytelse kan overdrives. Mens Eugenius ofte var åpent avhengig av Bernhard, opptrådte han ikke sjelden uavhengig, eller til og med ignorerte sin rådgiver og venn.
DecretumGratiani av kamaldulensermunken og professoren Gratian ble til på Eugenius' tid. Det var den første kirkelige lovsamling systematisert etter sak. Fordi Gratian var en privatperson, ble hans samling aldri formelt anerkjent som Kirkens lov, selv om den i praksis fungerte slik.
Den 8. juli 1153 døde Eugenius III i Tivoli utenfor Roma, den siste representanten for reformpavedømmet og den siste i en lang rekke paver med bakgrunn fra klosterlivet. Han ble gravlagt med store tegn på ærbødighet i St. Peterskirken ved siden av Gregor III. Han ble æret i sin levetid, og snart ble mirakler tilskrevet hans forbønn, og den salige pave Pius IX saligkåret ham den 3. oktober 1872. Hans minnedag er 8. juli.
Noen uker etter Eugenius døde også Bernhard av Clairvaux (20. august 1153) og pavedømmets bernhardinske æra (1124-53) var over.