I 1928, i lys av den voksende økumeniske bevegelse blant protestantiske kirkesamfunn, skrev pave Pius XI et brev til Kirkens biskoper om hva økumenikk innebar for katolikker: ikke-katolikker skal vende tilbake til moderkirken, som ikke ønsker annet enn å «kalle sine frafalne sønner tilbake til sin favn». Konsilet forholdt seg til økumenikk, søken etter kristen enhet, i et helt annet lys i Unitatis redintegratio, offentliggjort 21. november 1964.
I innledningen fremsetter konsilet økumenikkens virkelige drivkraft: «Det er ikke tvil om at denne splittelse er i åpenbar strid med Kristi vilje, at den er verden til forargelse og at den skader en så hellig sak som Evangeliets forkynnelse for all skapningen» (UR 1). Da Kristus i den yppersteprestelige bønn i Johannesevangeliet ber «Må de alle være ett, slik du, Far, er i meg og jeg i deg. Slik skal også de være i oss, for at verden skal tro at du har sendt meg» (Joh 17,21), og de kristne ikke er ett, innebærer det både at Kirken mangler noe av den helhet som Kristus ønsket at den skulle ha, og, ikke minst, at det ene kraftfulle vitnesbyrd om troen på Kristus som kristne skal gi i verden, står svekket tilbake. Derfor kan ikke lenger økumenikk være noe som bare opptar ikke-katolikker – det må også være hele Kirkens sak: «Omsorgen for enhetens gjenopprettelse deles av hele Kirken, både legfolk og hyrder» (UR 5). Konsilfedrene understreket at økumenikken må begynne i omvendelse og bønn – vi må erkjenne vårt eget ansvar for splittelsene før vi kan gå andre i møte. Konsilet påpekte også at ikke-katolikker født utenfor Kirken ikke kan holdes ansvarlig for splittelsene som skjedde for flere hundre år siden.
«Vi skal heller ikke se bort fra at alt det som Den Hellige Ånds nåde virker i våre adskilte brødres hjerte, også kan bidra til vår oppbyggelse. Alt det som virkelig er kristent, strider jo aldri mot troens ekthet, men kan tvert om alltid føre til en mer fullkommen tilegnelse av Kristi og Kirkens mysterium» (UR 4). Med andre ord: det finnes i de ikke-katolske kirker og kirkesamfunn elementer som kjennetegner den Kirke Kristus selv grunnla: Den hellige skrift, dåpen, bønnelivet, søndagsgudstjenesten osv. Enhet handler ikke om å gjøre alle like, men om at det som i utgangspunktet var ment å stå sammen, og det som kun i sin fulle enhet kan vitne om helheten av det frelsesverk Jesus Kristus gjorde tilgjengelig, igjen må forenes – for verdens frelse.
Her kommer også noe av det som etter konsilet har vært mest problematisk for ikke-katolikker, frem. Søken etter enhet – som er det økumeniske arbeids mål – handler om noe langt mer grunnleggende enn det rent ytre. Det er umulig for Kirken å se for seg en enhet som ikke virkelig strever etter en enhet i troen og som er basert på en felles tro kan uttrykke seg i det kristne liv. Derfor understreker dokumentet at communicatio in sacris (fellesskap i de hellige ting – sakramentene osv.) ikke kan være et middel, det må være målet for økumenikkens arbeid.
I det tredje kapittel begynner konsilet med en utvetydig anerkjennelse av de ortodokse kirker. Etter å ha understreket den betydelige grad av enhet som finnes mellom den katolske Kirke og de ortodokse kirker, konkluderer konsilfedrene: «Dette kirkemøte erklærer at hele denne åndelige og liturgiske, kanoniske og teologiske arv i sine forskjellige overleverte former tilhører Kirkens fulle katolisitet og apostolisitet» (UR 17). Så vender konsilet seg til de vestlige kristne, adskilt fra Roma ved reformasjonen. På tross av lengre enhet med Roma, har konsilet vanskelig for å betrakte alle protestantene samlet: «Disse kirkesamfunn avviker imidlertid betraktelig ikke bare fra oss men også seg imellom på grunn av ulikheten i opprinnelse, lære og fromhetsliv, og derfor er en rettferdig omtale av dem meget vanskelig.» (UR 19). Men dette utelukker ikke den anerkjennelse konsilet viser protestantene, og de betydelige elementer som der finnes av den samme apostoliske kristendom Kirken selv lever av: «Til tross for de mangler vi tror de lider av, savner de adskilte kirker eller kirkesamfunn på ingen måte vekt eller betydning i frelsens mysterium. Kristi Ånd har nemlig ikke vegret seg for å bruke dem som midler til frelse, midler som henter sin kraft fra den nådens og sannhetens fylde som er blitt betrodd den katolske Kirke» (UR 3).