Deretter ble p. Ignatius utnevnt til kapellan i sognet St. Paulus' Omvendelse. I 1892 ble han kapellan for St. Vincent-hospitalet og begynte å undervise ved presteseminaret. Der underviste han i fjorten år i bibelfag, katekese, homiletikk, moralteologi og kirkerett. Fra 1892 til 1894 tjente han som kapellan ved katedralen i Lublin og deretter ble han utnevnt til rektor for kirken St. Stanislas, hvor han hjalp de forfulgte gresk-katolske troende.
P. Ignatius var fullt klar over levebetingelsene for så mange av sine landsmenn, som levde i ekstrem materiell og åndelig elendighet, uten utdannelse og arbeid. Stilt overfor en så tragisk realitet fant den unge presten at han ikke kunne forbli likegyldig, så han begynte å grunnlegge en rekke karitative institusjoner: et arbeidsformidlingshjem i Lublin, en yrkesskole, et hjem for rehabilitering av jenter og kvinner som var tvunget ut i prostitusjon, selv hjem for foreldreløse og eldre. Med hjelp fra kongregasjonen «Den uplettedes tjenerinner» grunnla p. Ignatius også en serie landsens skoler, men for dette måtte han tåle motstand fra de russiske myndighetene.
P. Ignatius var også svært opptatt av å gi åndelig hjelp til de fattigste og mest trengende. Allerede i de tidligste årene av sin prestetjeneste utga han bøker om bønn og åndelige brosjyrer om mange emner. I 1905 begynte han å utgi magasinet Polak-Katolik («Polsk-katolsk»), fulgt av ukentlige og månedlige aviser. I 1908 flyttet han sin utgivervirksomhet til Warszawa for å kunne øke produktiviteten og for å kunne starte nye publikasjoner.
For å opprettholde et slikt krevende utgivervirksomhet grunnla p. Ignatius den 31. juli 1920 en kongregasjon i Warszawa, Zgromadzenie Sióstr Matki Bozej Loretanskiej eller «Søstre av Den salige Jomfru Maria av Loreto» (Congregatio Sororum Beatae Mariae Lauretanae – CSL), med godkjennelse av den daværende apostoliske nuntius, erkebiskop Achille Ratti, den senere pave Pius XI (1922-39).
For å møte behovene til fattige barn og eldre kvinner åpnet han helsesentre og suppekjøkken. Den elskede presten var kjent som «en sann far og beskytter av de foreldreløse».
Den 20. desember 2004 ble hans «heroiske dyder» anerkjent og han fikk tittelen Venerabilis («Ærverdig»). Pave Johannes Paul II (1978-2005) rakk aldri å undertegne dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som godkjente et mirakel på hans forbønn. Men en funksjonær i Vatikanet sa den 13. juni 2005 at kongregasjonens lege- og teologkommisjoner hadde godkjent miraklet, så pave Benedikt XVI ga dispensasjon fra kravet om et formelt dekret for at saligkåringen kunne skje som planlagt.
Søndag den 19. juni 2005 ledet kardinal Józef Glemp, erkebiskop av Warszawa, avslutningsmessen for Den nasjonale eukaristiske kongress og saligkåringsseremonien for de tre polske prestene Ignatius Klopotowski, Ladislas Findysz og Bronislas Markiewicz SDB på Pilsudski-plassen (tidligere Seiersplassen) i Warszawa. Pave Benedikt XVI har nemlig gjenopplivet tradisjonen med å la en pavelig delegat presidere ved saligkåringsseremoniene i stedet for paven selv. Denne tradisjonen ble avbrutt i 1971 av pave Paul VI (1963-78) ved saligkåringen av Maximilian Kolbe.
Ignatius Klopotowskis minnedag er dødsdagen 7. september.