Den hellige Johannes Sarkander (cz: Jan) ble født den 20. desember 1576 i Skoczów (Skotschau) ved Ceský Tesin (Teschen) i østerriksk Schlesien, nå i Polen like ved grensen til Tsjekkia. Hans far Grzegorz Maciej Sarkander (Georg Mattias) var av tsjekkisk opprinnelse, mens moren Helena Gorecka var polsk. Johannes ble ikke døpt i sognekirken, som på den tiden var okkupert av protestanter, men i en liten kirke i tilknytning til hospitalet, som var på katolske hender.
Faren døde i 1589 da Johannes var bare tretten år, og Helena, som satt igjen med fire sønner og en datter, bekymret seg over hvordan hun skulle sikre dem en katolsk utdannelse. Hun bestemte seg da for å slå seg ned i Przybor (Pribor) i det mer katolske Morava (Mähren), hvor hennes sønn Matteus fra første ekteskap bodde. Johannes gikk på den katolske sogneskolen i Przybor før han som 17-åring i 1593 ble sendt til jesuittene i Olomouc (ty: Olmütz) i det nordlige Morava. Fra 1600 studerte han filosofi i Praha, hvor han tok magistergraden i 1602 og doktorgraden i 1603. Deretter begynte han i 1604 å studere teologi i Graz i Østerrike.
Men han avbrøt studiet i 1606 for å gifte seg med en luthersk kvinne, Anna Platská, som var datter av en ansett luthersk familie i Valasské Mezirici i Morava, hvor hans bror Nikolas hadde vært sogneprest siden 1604. Hun døde imidlertid året etter. Dypt sjokkert og beveget gikk han tilbake til teologistudiene, og han avla sine siste eksamener den 21. desember 1607. Kardinal Dietrichstein tildelte ham de lavere vielser, som året etter ble fulgt av de høyere vielser. Den 22. mars 1609 ble han presteviet i Brno (Brünn).
Deretter forkynte han den katolske tro i Morava i syv år som hjelpeprest i fem ulike sogn: Opava, Unicov, Charvaty, Zdounek og Boskovice (1613-16). Han ble i 1616 etter råd fra jesuittene utnevnt til sogneprest i Holeszov ved Kromeriz (Holleschau ved Kremsier) i det sørlige Morava, en by som var hovedsakelig protestantisk. Siden 1400-tallet hadde distriktet vært et arnested for husittene, som var tilhengere av reformatoren og den erklærte kjetteren Jan Hus, og det var også hjemstedet til De bøhmiske Brødre, en gruppe som opprinnelig var opptatt av at legfolket skulle få nattverd under begge skikkelser, men som senere knyttet seg til husittene og deretter til lutheranerne.
Den lokale jordeieren, baron Ladislas Popel von Lobkovitz, hadde i 1604 kjøpt landområdene i Holeszov og fravristet disse sektene den sognekirken som Johannes var blitt utnevnt til, og gitt den til katolikkene. Baronens handling var et klart brudd på charteret Majestát, som var utstedt i 1609 av kong Rudolf av Bøhmen (1575-1611; keiser 1576-1612) og garanterte fri gudsdyrkelse for katolikker og husitter samt alle sektene som hadde undertegnet den såkalte Bøhmiske konfesjon. Men i en ikke-sentralisert administrasjon hvor lokale adelsmenn hadde frie hender, virket en slik handlig ikke unaturlig. Men to år etter Johannes' utnevnelse førte et angivelig brudd på charteret til at de protestantiske stendene stilte to guvernører for retten. De ble kastet ut av et vindu i Praha, og dette var starten på Trettiårskrigen i 1618.
Det fulgte et omfattende opprør i Bøhmen, og de kongelige guvernørene ble erstattet av direktører. Disse nektet å støtte Rudolfs nevø, keiser Ferdinand II (1619-37). På den tiden var opprøret ikke nådd Morava. Johannes kastet seg ut i pastoral aktivitet som sogneprest og brakte hundrevis av konvertitter blant bøhmiske brødre og husitter tilbake til Kirken. Dermed pådro han seg fiendskap fra en mektig landeier i nærheten, Bitowsky von Bystritz, som var voldsomt antikatolsk og en rival av baron Lobkovitz. Det ble gjort flere forsøk på å ta Johannes' liv. Nå brøt det ut opprør i Morava også, og protestantene grep makten. De satte i gang med å ødelegge katolske institusjoner. Baron von Lobkovitz ble arrestert og jesuittene utvist. I mellomtiden ble Ferdinand II avsatt, og tronen ble i 1619 gitt til den kalvinistiske pfalzgreven Fredrik V («vinterkongen» 1619-20).
Etter råd fra sognebarn og venner dro Johannes på pilegrimsreise til Czestochowa i Polen, og han ble i Kraków i noen måneder da han hørte at lutheranerne hadde okkupert hans sogn. Så snart han fant det forsvarlig, vendte Johannes tilbake til sin flokk i november 1619, men landet var i praksis i krig. I februar 1620 sendte kong Sigismund III av Polen (1587-1632) kosakk-tropper inn i Morava for å støtte keiser Ferdinand IIs kamp mot de protestantiske herskere der. Troppene, som var kjent som Lissovtschiks, plyndret etter hvert som de dro frem. De var en elitearme av lett kavaleri, like grusomme som effektive.
I et forsøk på å identifisere sitt folk som katolsk dro Johannes ut for å møte dem i spissen for sine sognebarn mens han bar Det hellige sakrament. Polakkene gikk straks utenom, og Holeszov ble berget. Men det ble ikke sognepresten. Bitowsky anklaget ham straks for samarbeid med fienden og for å være agent for von Lobkovitz, og for at han under sitt nylige besøk i Polen hadde forhandlet frem invasjonen av polske tropper i landet. Han ble arrestert etter ordre fra Fredrik V den 13. februar 1620.
Han ble stilt for retten for en kommisjon som bare besto av husitter under ledelse av von Lobkovitz' protestantiske etterfølger, Hetman Zerocin. Johannes ble beordret til å avsløre hvem som hadde brakt polske tropper til landet og å røpe hva baron von Lobkovitz, som var kjent å være hans skriftebarn, hadde sagt til ham i skriftestolen. Johannes avviste at han hadde noe med polakkenes ankomst å gjøre, og han nektet å avsløre noe som var betrodd ham i skriftestolen og sa at han heller ville rives i biter.
Han ble da torturert på det grusomste på strekkbenken den 14. februar 1620, og tre dager senere ble han strukket igjen. Deretter ble han brent med fakler. Dagen etter, den 18. februar, ble han strukket for tredje gang og deretter dekket av fjær som hadde blitt dyppet i en blanding av bek, svovel og olje, og deretter satt fyr på. Han overlevde, men torturen hadde tatt så hardt på at han etter en måned i uutholdelig smerte og kontinuerlig bønn døde den 17. mars 1620 i Olomouc. Hans grav befinner seg i domkirken der. Johannes Scintilla, en katolsk magistrat i Olomouc, som ble tvunget i kraft av sitt embete til å være til stede i første sesjon for kommisjonen som prøvde Johannes, skrev etterpå for kardinal von Dietrichstein den rapporten som er hovedkilden til vår informasjon.
Johannes' minnedag er dødsdagen 17. mars. I det østerrikske bispedømmet Graz-Seckau minnes han den 7. september. Denne dagen feirer bispedømmet det felles minnet om fem hellige som i likhet med Sarkander hadde vært kostskoleelever ved jesuittkollegiet i Graz og mellom 1615 og 1620 hadde lidd martyrdøden på ulike steder. Tre av dem er Kosice-martyrene (de hellige Markus Stefan Krizin, Stefan Pongrácz og Melkior Grodziecki), som pave Johannes Paul II helligkåret i Kosice i Slovakia i 1995, og den femte er den hellige skotten John Ogilvie.
Størstedelen av hans relikvier inkludert hodeskallen befinner seg i katedralen i Olomouc, andre deler befinner seg i kirken St. Mikael og andre steder. I Sarkanderkapellet oppbevares torturredskaper og andre gjenstander som knyttes til hans martyrdød, som strekkbenken og gravplaten av stein. I hans fødeby Skoczów minnes han i tre kapeller, i hans hjem, på det stedet han ble døpt og på en høyde over byen.