Den organiserte katolske sjelesorg i området begynte i etterkrigsårene. Menigheten i Moss ble imidlertid opprettet først den 1. januar 1989, da utskilt fra Sta. Birgitta menighet i Fredrikstad.
Da ble det menighetslignende arbeide som allerede hadde vært i gang rundt Carolus Borromeussøstenes hus siden 1956 i Ryggeveien 24. Der var det kapell og i øvre etasje søsterkommunitet. Sjelesorgen ble administrert og ledet av disse søstrene etter biskoppelig bemyndigelse gitt i 1980. I 1988 ble St. Mikael løftet opp til formelt å være det som mange troende katolikker allerede hadde trodd var status: En menighet.
Man hadde fra 1. januar 1954 p. Alfons Wysiecki som rektor for kapellet. Senere var Anton Taxt (1961–1976) som kirkens rektor (skjønt etter 1974 uten formell tjeneste) i pleie, etter hvert pensjonist.
Søster Avita Storre C.B. var formelt bemyndiget til menighetsassistent med fullmakt til å lede ordets gudstjeneste, og til å dele ut kommunion. Andre prester kom med i kretsen som periodisk holdt messer der. Først i 1988 ble den nye biskop av Oslo gjort oppmerksom på, av sin forgjenger, at en menighet – det var Moss faktisk ikke…
Den ledelsesmodell som gjaldt kan man gjenkjenne i kirkeloven av 1983, kan. 517§2. Den fordrer en prestelig ansvarlig – med sogneprests fullmakter, men det vil da typisk være en som ikke bor i menigheten.
Menigheten vokste, man fikk kjøpe et stort bankbygg i sentrum, som ble ombygd og vigslet til kirke i 1954.
Sognepresten har lenge hatt bopel enten i Askim eller i Fredrikstad, med ansvar også for disse eller en av disse menigheter. Fra september 2023 fikk Askim sogneprest som ikke måtte dele sin tid med Moss.
Sogneprester eller andre ansvarlige prester
| ca 1989 eller 1990–15. august 1992 | Eugeniusz Machnica O.M.I. (bosatt i Fredrikstad) |
| 15. august 1992–høsten 1996 | Eugeniusz Machnica O.M.I. (Askim og Moss) |
| Høsten 1996–31. desember 1996 | Teodor Famuła (bosatt i Fredrikstad) |
| 1. januar 1997– | Piotr Pisarek O.M.I. (lenge bosatt i Askim, fra august 2023 i Moss) |
Kapellaner
| 11. august 2011–1. januar 2012 | Roman Kunkel O.M.I. (bosatt i Fredrikstad) |