Født i Ruvune (bispedømmet Byumba) i Rwanda i 1943. Presteviet den 25. juli 1971. Utnevnt til biskop av Gikongoro den 30. mars 1992 og bispeviet av kardinal Jozef Tomko den 28. juni 1992.
I april 1999 ble biskop Misago arrestert og anklaget for deltagelse i folkemordet i Rwanda i 1994. Anklagene om folkemord kom fra African Right Watch, en organisasjon som stod den nye rwandiske regjeringen nær, og fra landets president, Pasteur Bizimungu. Han ble etter en rekke utsettelser stilt for retten i Kigali, og ble sommeren 2000 frikjent på alle punkter. Biskop Misago betegnet anklagene som et politisk komplott.