Født: Juan Francisco Fresno Larrain ble født søndag den 26. juli 1914 i Santiago de Chile som den fjerde i en søskenflokk på fem. Han gjennomførte sine prestestudier ved seminaret i Santiago og på Det pavelige universitetet Gregoriana, hvor han tok lisensiatgrad i kirkerett.
Prest: Han ble presteviet den 18. desember 1937 i Santiago, 23 år gammel, og han ble straks åndelig veileder og viserektor på gutteseminaret i Santiago. Samtidig utførte han mellom 1937 og 1958 pastoralt arbeid i Santiago og var rådgiver for den nasjonale Katolsk aksjon for ungdom.
Biskop: Han ble den 15. juni 1958 utnevnt til biskop av Copiapó av pave Pius XII (1939-58) - en av denne pavens siste embetsgjerninger. Han ble konsekrert den 15. august 1958 i Santiago av Alfredo Cifuentes, erkebiskop av La Serena. Han deltok på Det annet Vatikankonsil (1962-65) og ble president for kallsavdelingen i bispekonferansen og president for bispekomiteen for det latinamerikanske kollegiet i Roma. Han deltok på den andre generalkonferansen i det latinamerikanske bisperådet (Celam) i Medellín i Colombia høsten 1968.
Den 28. juli 1967 ble han utnevnt til erkebiskop av La Serena av pave Paul VI (1963-78). Han deltok på den tredje generalkonferansen i Celam i Puebla i Mexico våren 1979. Den 3. mai 1983 utnevnte pave Johannes Paul II ham til erkebiskop av Santiago de Chile etter den store kardinal Raúl Silva Henríquez SDB (d. 1999), som hadde vært erkebiskop siden 1961.
I sluttfasen av Pinochet-diktaturet var erkebiskop/kardinal Fresno blant hovedstøttespillerne for den nasjonale overenskommelse som tok sikte på overgang til fullt demokrati. For denne innsatsen mottok han i 1989 en amerikansk menneskerettighetspris.
Kardinal: Han ble den 25. mai 1985 kreert til kardinalprest av Santa Maria Immacolata di Lourdes a Boccea av pave Johannes Paul II. Han gikk av som erkebiskop av Santiago de Chile den 30. mars 1990, nesten 76 år gammel, og ble erstattet av kardinal Carlos Oviedo Cavada OdeM (d. 1998). Han deltok på den fjerde generalkonferansen i Celam i Santo Domingo i Den dominikanske Republikk høsten 1992.
Han mistet retten til å delta i neste konklave da han fylte 80 år den 26. juli 1994. Han døde av en nyresykdom den 15. oktober 2004 i Santiago de Chile.