Født: 2. april 1932 i Oak Park i delstaten Illinois (erkebispedømmet Chicago) i USA som sønn av Thomas J. og Genevieve Costello Egan. Han studerte filosofi ved Chicagos presteseminar «Saint Mary of the Lake» i Mundelein nær Chicago og tok en bachelor-grad. Deretter fortsatte han studiene ved The North American College i Roma og tok bachelor-graden i teologi.
Prest: Han ble presteviet den 15. desember 1957 i Roma. Deretter studerte han videre i Roma (1957-58) og tok i 1958 lisensiatgraden i teologi ved det pontifikale universitetet Gregoriana i Roma. Deretter var han kapellan i katedralen Holy Name i Chicago (1958-60), assisterende kansellist i erkebispedømmet Chicago og sekretær for kardinal Albert Gregory Meyer, erkebiskop av Chicago. Han var viserektor ved The North American College i Roma og underviste i moralteologi og kirkerett der mens han gjennomførte sine doktorgradsstudier (1960-63) og tok doktorgraden i kirkerett ved det pontifikale universitetet Gregoriana. Deretter var han sekretær for kardinal John Patrick Cody, erkebiskop av Chicago, vise-kansellist i erkebispedømmet Chicago (1963-68) og kon-kansellist for økumenikk og sosiale spørsmål (1968-72). Den 20. november 1972 ble han utnevnt til auditor (dommer) ved Den romerske Rota (1972-1985). Samtidig var han professor i rettspraksis ved «Studio Rotale» og det pontifikale universitetet Gregoriana.
Biskop: Han ble utnevnt til titularbiskop av Alleghany og hjelpebiskop av New York den 1. april 1985 av pave Johannes Paul II (1978-2005). Han ble bispeviet den 22. mai 1985 i basilikaen Santi Giovanni e Paolo i Roma av kardinal Bernardin Gantin, prefekt for Bispekongregasjonen, assistert av erkebiskop John J. O'Connor av New York (som ble kreert til kardinal tre dager senere) og biskop John R. Keating av Arlington. I New York ble han biskoppelig vikar for utdannelse. Han ble utnevnt til den tredje biskop av Bridgeport den 5. november 1988 og ble innsatt den 14. desember. Han ble utnevnt til erkebiskop av New York den 11. mai 2000. Han mottok palliet av pave Johannes Paul II i Peterskirken den 29. juni 2000.
Kardinal: Han ble den 21. februar 2001 kreert til kardinalprest av Santi Giovanni e Paolo av pave Johannes Paul II. Han ble den 10. mars 2001 utnevnt av paven til medlem av Kardinalrådet for studier av Den hellige stols økonomiske og organisatoriske problemer og den 18. mai 2001 til medlem av Presidentkomiteen i Det pavelige råd for familien. Han deltok på den tiende ordinære bispesynoden høsten 2001 som generalrelator.
Han deltok på konklavet i april 2005 som valgte pave Benedikt XVI. Den 23. februar 2009 aksepterte paven hans avskjedssøknad av aldersgrunner, nesten 77 år gammel. Ny erkebiskop ble Timothy Michael Dolan, som da var erkebiskop av Milwaukee. Kardinal Egan fortsatte som apostolisk administrator til erkebiskop Dolan ble installert den 15. april 2009. Egan var den første erkebiskop av New York som ble pensjonist - alle hans forgjengere i erkebispedømmets 200 år lange historie døde i embetet. Han fylte åtti år den 2. april 2012 og mistet dermed retten til å delta i pavevalg.
Død: Han døde den 5. mars 2015 av hjertestans på et sykehus i New York, 82 år gammel.
Kilder: Annuario Pontificio, Salvador Miranda, aciprensa.com, Archdiocese of New York - Kompilasjon og oversettelse: p. Per Einar Odden