Baselios Cleemis ble født som Isaac Thottunkal den 15. juni 1959 i Mukkoor i byen Tiruvalla (Thiruvalla) i distriktet Pathanamthitta i delstaten Kerala i det sørlige India. han var sønn av avdøde Mathew og Annamma Thottunkal. Han tilhørte den syro-malankaresiske kirke, som gikk i union med Roma i 1930. Han fullførte grunnskoleutdannelsen i St Mary's UP School i Kunnanthanam og sin videregående utdannelse ved St Mary's High School i Annikad.
I juni 1976 begynte han på gutteseminaret «Jesusbarnet» (The Infant Jesus Minor Seminary) i Tiruvalla, og der var han fra 1976 til 1979. Han fullførte sine studier der ved St Berchman's College i Changanacherry. Derfra ble han sendt til St. Joseph's Pontifical Institute i Mangalapuzha i Aluva, hvor han var fra 1979 til 1982 og avsluttet med graden B.Phil. Etter et år ble han i 1983 sendt til Det pavelige seminaret (Atheneum) i Pune for sine teologistudier. Der studerte han fra 1983 til 1986 og avsluttet i mars 1983 med graden B.Th. Da var han allerede blitt diakonviet den 22. mars 1986 av Valerian D'Souza, biskop av Pune.
Prest: Han ble presteviet den 11. juni 1986 av storerkeepark Cyril Baselios Malancharuvil OIC av Trivandrum (2005–2007), da biskop av Battery, for eparkiet (bispedømmet) Battery (Bathery) i den syro-malankaresiske kirke. Deretter studerte han fra 1986 til 1989 for mastergraden i teologi ved Dharmaram College i Bangalore. Så vendte han tilbake til Battery og ble rektor for gutteseminaret St. Thomas og sogneprest for katedralen St. Thomas i Battery. Så ble han sendt til Roma for videre studier, og der tok han i 1997 doktorgraden i økumenisk teologi ved det pavelige universitetet St. Thomas Aquinas (Angelicum) i Roma. Da han kom tilbake fra Roma, ble han generalvikar (Proto Syncellus) for eparkiet Battery samt spiritual ved gutteseminaret.
Biskop: Han ble den 18. juni 2001 utnevnt av den salige pave Johannes Paul II (1978–2005) til hjelpebiskop i Trivandrum og til titularbiskop av Chaialum (Chayal). Han ble samtidig utnevnt til Apostolisk visitator for de troende av malakarisk ritus bosatt i Amerika og Europa. Han ble bispeviet den 15. august 2001 i Tirumoolapuram i Tiruvalla av erkebiskop Cyril Baselios Malancharuvil OIC av Trivandrum (1995–2005), senere storerkebiskop av Trivandrum (2005–2007), assistert ev biskopene Geevarghese Timotheos Chundevalel av Tiruvalla og Geevarghese Divannasios Ottathengil av Battery. Ved bispevielsen tok han navnet Isaac Mar Cleemis.
De neste to årene styrket han de eksisterende malankarske katolske misjonene i Nord-Amerika og startet en ny misjon i Rockland. Han etablerte The Mar Ivanios Malankar Catholic Centre i New Hyde Park i New York, som nå er hovedkvarteret for den malankarske katolske kirken i Nord-Amerika Han tjente også som beskytter for The Indian Christian Forum of North America og for The St. Thomas Ecumenical Federation of India in North America.
Den 11. september 2003 ble han utnevnt av Den hellige stol til den sjette biskop av eparkiet Tiruvalla i Kerala, og han ble installert den 2. oktober samme år i katedralen St. John's i Tiruvalla. I februar 2006 ble han valgt til visepresident for den katolske bispekonferansen i India. Den 15. mai 2006 ble eparkiet Tiruvalla oppgradert til erke-eparki (erkebispedømme) og metropolittprovinsen Tiruvalla oppsto, og Isaac Mar Cleemis ble utnevnt til den første erkebiskop av Tiruvalla av katolikos Cyril Baselios. Han tok erkeeparkiet kanonisk i besittelse den 10. juni 2006 i katedralen St. John's i Tiruvalla.
Etter at overhodet for den den syro-malankaresiske kirken, stor-erkeepark Cyril Mar Baselios døde den 18. januar 2007, innkalte kirken sin første hellige bispesynode for valg fra 7. til 10. februar 2007 i Katholikatsenteret i Pattom i Trivandrum. Der ble Isaac Mar Cleemis den 8. februar enstemmig valgt til den andre stor-erkebiskop av Trivandrum og dermed Katolikos for den syro-malankaresiske kirken. Pave Benedikt XVI stadfestet valget i henhold til kirkeretten for Østkirkene den 9, februar, og valget ble proklamert den 10. februar i katedralen St Mary's i Pattom. Han tok da navnet Baselios Cleemis. Han ble installert som den andre storerkeepark-katolikos i katedralen St Mary's i Pattom den 5. mars 2007. Kardinalene Telesphore Toppo og Mar Varkey Vithayathil delyok i seremonien.
Kardinal: Den 24. oktober 2012 ble det offentliggjort at pave Benedikt XVI ville kreere ham til kardinal sammen med fem andre på et konsistorium den 24. november 2012, Kristi Kongefest. Han sto som nummer tre på listen. Han er den første kardinal av den syro-malankariske ritus, som forente seg med Roma i 1930 og består av fjorten biskoper, 600 prester og en halv million troende, for det meste i den indiske delstaten Kerala. Han er den femte fra Kerala overhodet som blir kardinal. Med sine 53 år ble han den yngste i kardinalkollegiet etter konsistoriet. Den 1. februar 2013 utnevnte paven ham til medlem av kongregasjonen for Østkirkene og Det pavelige råd for interreligiøs dialog.
Kilder: en.wikipedia.org, catholic-hierarchy.org, Miranda - Kompilasjon og oversettelse: p. Per Einar Odden