Den hellige Margareta ble født rundt år 1045, sannsynligvis i Reska ved Nádasd i Ungarn, som det yngste av fire barn. Hennes mor var den tyske prinsessen Agatha, og faren var den engelske prins Edvard d'Outremer («landsforvist») Atheling («adelsmannen»). Han var brorsønn av den hellige kong Edvard Bekjenneren (1042-66) og sønn av kong Edmund Jernside (Ironside) av Wessex (1016). Margaretas far hadde søkt tilflukt ved det ungarske hoff hos den hellige kong Stefan (997-1038) etter at hans rike var falt i hendene på danskene, og der hadde han giftet seg med Agatha, som var søster (eller mer sannsynlig niese) av Stefans hustru, den salige Gisela. Margareta vokste opp i landflyktighet ved hoffet, hvor hun fikk en god utdannelse og synes å ha utviklet sin estetiske sans, noe som ga seg uttrykk i verdsetting av fine bøker og manuskripter og god smak i klær.
Faren ble kalt tilbake til England i 1057 av kong Edvard Bekjenneren, som håpet å gjøre ham til sin arving, og familien ble med. Men faren døde allerede samme år, og deretter bodde familien ved hoffet til Edvard. Men Edvard døde i januar 1066, og den 28. september 1066 sto det berømte slaget ved Hastings som førte til normannernes invasjon av England. Nå var Margareta i fare som et av de siste overlevende medlemmene av den angelsaksiske kongefamilien, og hun måtte igjen forlate England. Sammen med moren og sine brødre, blant dem Edgar Atheling, dro hun med et skip som skulle føre dem tilbake til Ungarn, men de ble drevet mot kysten av Skottland, hvor kong Malcolm III Canmore (1058-93) gjestfritt tok mot dem. Malcolms første hustru var i slekt med Harald Hardråde, og Malcolm hadde i 1066 hjulpet nordmennene mot engelskmennene i håp om å få en bit av Northumbria.
Malcolm falt for den intelligente, vakre og gudfryktige prinsessen med en skarp sans for fine klær, og ville gifte seg med henne. Margareta hadde til da ført et beskjedent og tilbaketrukket liv ved Malcolms hoff, og fremfor alt ofret seg for pleie av de fattige. Den daglige omgangen med de nødlidende var mer kjær for henne enn fornøyelsene ved hoffet. Men hun sa ja til kongen, og i 1069 giftet den 24-årige Margareta seg med den 38-årige Malcolm i Dunfermline Castle. Året etter ble Margareta kronet til dronning av Skottland. Malcolm var opprinnelig temmelig grov og brutal, men Margareta mildnet hans temperament og polerte hans manerer, og gjorde ham til en av Skottlands mest rettskafne konger. Gjennom hennes innflytelse fikk det skotske hoffet en høyere sivilisert standard, og dets rykte ble dramatisk bedret.
Men hennes gudfryktige liv gjorde ikke bare inntrykk på kongen, også folket fant hennes liv som en levende preken. Margareta hadde alltid vært dypt religiøs, og som dronning medvirket hun til å grunnlegge kirker, klostre og herberger for pilegrimer. Hun fikk nytt liv i klosteret Iona, som var gjort berømt av de hellige Kolumba og Aidan, og grunnla sammen med mannen det berømte Treenighet-klosteret i Dunfermline i 1072. Det utviklet seg til å bli som et skotsk Westminster Abbey som begravelsessted for de skotske kongene. Hun fikk bygd herberger på begge sider av elva Forth for pilegrimer til St. Andrews, og hun sørget også for at de hadde båter for å frakte dem over elva.
Både i politiske og religiøse saker var hennes styre rettet mot å fjerne de keltiske skikkene og oppmuntre eller pålegge folk å innføre engelsk-normanniske skikker og institusjoner i det temmelig isolerte Skottland, og for dette ble hun like mye rost som helgen og kritisert som forræder. Hun søkte etter å innsette gode prester og støttet biskopene i deres rettigheter. Hun brukte hele sin innflytelse og sin uvanlig sterke vilje til å bringe visse skikker i den skotske kirke i overensstemmelse med den alminnelige kirketukt i vesten. Hun deltok på en rekke kirkemøter, hvor hun modig gikk inn for de nye reformene og visste å imøtegå sine motstanderes argumenter. Konsilene utbredte praksisen med å starte fasten på askeonsdag, gjennomføre påskekommunion og søndagen som hviledag. Hun var fast bestemt på å utrydde all urett og utbre de kristne dyder nestekjærlighet, måtehold og dyd ikke bare ved hoffet, men også hos sine undersåtter. Hun bekjempet overtro og lunkenhet i det religiøse liv med all kraft.
Like moderlig som hun var for folket i Skottland, var hun også god og kjærlig mot sine barn. Margareta og Malcolm hadde med årene fått seks sønner og to døtre. Tre av sønnene skulle bli konger av Skottland; Edgar, Alexander og den hellige David, og datteren Edith giftet seg med kong Henrik I av England og ble dronning Matilda av England, kjent som Good Queen Maud. Gjennom henne ble Margareta stammor til det nåværende britiske kongehus, som dermed kan knytte sine røtter tilbake de gamle angelsaksiske herskerne. Til sine barn skaffet hun fremragende lærekrefter som underviste dem i alle vitenskaper man den gang kjente. Men deres åndelige utdannelse tok hun seg av selv, og oppdro dem til fromme kristne.
Det var Matilda som sørget for at det ble skrevet en biografi om moren. Hun ga sannsynligvis oppdraget til Margaretas skriftefar Turgot, prior i Durham og senere biskop av St. Andrews. Turgot var den som bygde den strålende normanniske katedralen i Durham, hadde vært en av Vilhelm Erobrerens fanger og hadde flyktet til Norge, der han underviste i kirkemusikk ved kongehoffet. Hans Vita Margaretae Scotiae reginae ble skrevet mellom 1104 og 1108, og selv om den følger det vanlige mønsteret for slike biografier, tjener den på at forfatteren kjente personen så godt. Han fremhever Margaretas gode innflytelse på sin mann.
Skottene var på den tiden et grovt og udannet folk, derfor opprettet hun flere skoler. Hennes ektemann sto trofast ved hennes side, og han passet strengt på at dronningens forordninger ble fulgt. Selv om han ikke kunne lese, likte han å se i de bøkene hun brukte til bønn, og fikk dem utsmykket med gull eller sølvinnbinding. En slik bok som med sikkerhet er hennes, en evangeliebok i lommeformat med fine evangelistportretter og gullinitialer, er bevart i Bodleian-biblioteket i Oxford. En kopi befinner seg i St Margaret's Chapel i Edinburgh Castle. Ifølge legenden ble Margaretas evangeliebok, rikt utsmykket med juveler, en dag mistet i en elv. Den ble senere berget, og mirakuløst nok hadde den ingen flekker eller skader. Et psalter i Edinburghs universitetsbibliotek kan godt ha vært hennes, og det samme gjelder en berømt illustrert biografi om den hellige Cuthbert, som også er i Oxford.
Hennes private liv var viet lesing og bønn og brodering av kirkelige tekstiler, men hennes fremste egenskap var likevel barmhjertigheten. Hun arbeidet for frigivelse av angelsaksiske fanger og sørget rikt for de fattige, foreldreløse og syke og brukte alle sine personlige inntekter til det. Før hun satte seg til bordet, pleide dronningen å bespise 24 foreldreløse og fattige, og noen ganger vasket hun også deres føtter. I faste- og adventstiden serverte hun og kongen personlig 300 trengende; han mennene og hun kvinnene. Hun besøkte også regelmessig fengsler og sykehus, og det fromme kongeparet forsøkte å lindre enhver menneskelig ulykke de traff på. Folket følte en stor kjærlighet til den hellige, og overalt hvor hun viste seg, ble hun omringet av tiggere, som hun alltid ga noe til.
Margaretas private liv var svært asketisk. Hun spiste lite, og for å finne tid til sine andaktsøvelser, tillot hun seg svært lite søvn. Hvert år holdt hun to faster, også før jul i tillegg til langfasten før påske. I disse periodene sto hun alltid opp ved midnatt og gikk til kirken for matutin, og kongen våket ofte sammen med henne. Da dronningen var i sitt 46 år, fikk hun en meget smertefull sykdom, som hun tålmodig bar et helt år. Sannsynligvis var utmattelse en av de faktorene som bidro til sykdommen.
Mot dronningens råd red kong Malcolm selv på denne tiden i spissen for sin hær mot opprøreren William II Rufus (1087-1100), som hadde konfiskert Malcolms eiendommer. Ved hans angrep på Alnwick Castle ble Malcolm og sønnen Edvard myrdet etter forræderi. Den smertelige nyheten ble forsøkt holdt skjult for henne, men hun lot seg ikke føre bak lyset. Døende aksepterte Margareta sitt tap som Guds vilje, og fire dager senere, den 16. november 1093, døde hun i Edinburgh Castle, sønderknust og utslitt av askese og barnefødsler. Hun ble gravlagt sammen med mannen i klosterkirken i Dunfermline.
Allerede like etter hennes død æret skottene henne som hellig, og ved hennes grav skjedde tallrike undre. Den 19. juni 1250 ble hun høytidelig skrinlagt etter at pave Innocent IV (1243-54) hadde kanonisert henne tidligere samme år etter den vanlige granskingen av liv og mirakler. Kanoniseringsdokumentet har imidlertid gått tapt. Under reformasjonstiden ble Dunfermline plyndret i 1560, men Margaretas og Malcolms relikvier ble berget og overført til et kapell i slottet Escorial i Madrid i Spania, som ble bygd spesielt for formålet.
Da biskop Gillies av Edinburgh på 1800-tallet appellerte gjennom den salige pave Pius IX (1846-78) om å få relikviene tilbake til Skottland, kunne de ikke finnes. Hennes hode ble først tatt med til Edinburgh og var en tid i den ulykkelige dronning Maria Stuarts eie. Det kom senere til Antwerpen og derfra til jesuittene i Douai i Flandern. Der skal de ha forsvunnet under Den franske revolusjon.
Margareta ble utnevnt til andre skytshelgen for Skottland (etter den hellige Andreas) av pave Klemens X i 1673, og hennes fest ble utvidet til Universalkirken i 1693, da de siste skotske Stuartene bodde i Roma. Hun er den eneste skotske helgen som æres universelt i den romerske kalender.
Hennes minnedag er 16. november med en translasjonsfest som feires den 19. juni, eller den 10. juni på grunn av en feil den ærverdige kardinal Cesare Baronius (1538-1607), lærd oratorianer og kirkehistoriker, gjorde da han skrev henne inn i Martyrologium Romanum. Margareta fremstilles som nonne (eller dronning med hermelin og krone) med gaver til de fattige. Hun bærer også et svart kors og pleier de syke.