På det kirkelige instituttet i Torino (Convitto Ecclesiastico di San Francesco d'Assisi) fordypet han sine teologiske kunnskaper gjennom et toårig kurs i moral- og pastoralteologi under ledelse av den hellige presten Josef Cafasso. Senere tilskrev den takknemlige Klemens hele sin prestelige formasjon til Don Cafasso, som lærte ham opp til å arbeide blant de fattige og spesielt med fanger.
Den unge sekularpresten Klemens Marchisio ble i juni 1858 kapellan (viceparroco) i Cambiano, som da var i Viganò. Der viste han en stor hengivenhet til eukaristien. Befolkningen var ikke på mer enn 2.000, men hver morgen kunne han gi kommunionen til rundt 400 mennesker. Den 18. november 1860 ble han sendt som sogneprest til Rivalba i utkanten av Torino, et voldsomt antiklerikalt område. Der virket han i 43 år til sin død, utrettelig og svært suksessrik.
Som en klok sjelesørger tok han seg spesielt av den kvinnelige ungdommen. Han hadde sett hvordan så mange jenter kom til storbyen Torino for å søke arbeid, men havnet på skråplanet og ble fordervet. Derfor grunnla han i Rivalba et asyl for jenter og opprettet også et veveri for å skaffe dem arbeid. For å ta seg av jentene hentet han først ordenssøstre fra kongregasjonen «Vincentinersøstre av den uplettede Maria» (Suore Vincenzine di Maria Immacolata - VMI), som var grunnlagt av den salige Fredrik Albert. Men de ble kalt tilbake, og da reiste han på en valfart til Lourdes og søkte deretter råd hos erkebiskop Gastaldi av Torino før han grunnla sitt eget institutt, «Døtre av St. Josef» (Instituto delle Figlie di San Giuseppe - FSG) (av Rivalba).
På sine preken- og skriftemålsturneer i det store erkebispedømmet Torino hadde p. Klemens kunne se at det ofte var mangler ved grundigheten av kalkvasken og renholdet av messeklærne, til tider i en slik grad at det gikk ut over den nødvendige renhet og ekthet av den eukaristiske materien i vin og brød. Derfor ga han sine Josefsøstre den spesielle oppgave å med den største ærefrykt og kjærlighet til den hellige eukaristi sørge for hostier og messevin, vask av kalker og messeklær samt alterlys og alterduker i kirkene i landet.
Gjennom denne aktiviteten fant ikke bare søstrene anklang hos prestene i erkebispedømmet, men også de nødvendige inntektene til å forsørge seg for. På denne måten fikk de også ettervekst og kunne til slutt foreta grunnleggelser over hele Italia. Grunnleggeren ga søstrene sin egen spiritualitet: et liv i fattigdom og enkelhet i tjeneste for Herren i sakramentet.
P. Klemens var en stille og hellig mann, en god prest og hyrde. Han manglet ikke prøvelser og hindringer, men han levde vennlig og fredelig og tilbrakte mange tider i bønn. Hans dager var strengt disiplinert fra han sto opp klokken fem til midnatt. Han fortsatte å feire messen helt til to dager før sin død.
Klemens Marchisio døde den 16. desember 1903 i Rivalba. Fire år senere ble instituttet definitivt approbert av den hellige pave Pius X (1903-14). Denne paven hadde lært å kjenne og verdsette p. Marchisio da han var biskop av Mantova, og han beholdt sin velvilje for ham også som patriark av Venezia. Klemens ble saligkåret den 30. september 1984 av pave Johannes Paul II i Peterskirken i Roma. Hans minnedag er dødsdagen 16. desember, men 20. september nevnes også. Hans grav er i sognekirken i Rivalba.
St. Josefs døtre er nå spredt over hele verden i mer enn tretti hus. Hvert år lager de millioner av hostier, presser vogner fulle av druer og vasker tonnevis av liturgiske tekstiler. Peterskirken i Roma gjør bruk av deres tjenester, og de samme gjør fattige misjonskapeller. Hele deres liv er orientert mot det alteret hvor det hellige messeoffer feires og mot tabernaklet. De viser verden hvor høyt Kirken elsker eukaristien.