Da hun var rundt ti år gammel, ble hun i oktober 1879 kidnappet av arabiske slavehandlere sammen med en annen jente mens hun var ute på marken og lette etter noen urter. På den tiden blomstret slavehandelen i Afrika, og en av hennes eldre søstre var allerede tatt. Kidnapperne brakte dem til et slavemarked, men de klarte å rømme. Imidlertid ble de tatt igjen og solgt til en annen slavehandler. Behandlingen satte spor, for eksempel var det mye hun ikke kunne huske fra sin barndom, verken foreldrene eller sitt eget navn. Men hun ble kjent som «bakhita», som betyr «den heldige», et navn hun fikk av sine kidnappere fordi hun tross alt utstrålte en egen ro og harmoni.
Til slutt kom de til El Obeid i Kardofan, et annet slavemarked. Hun ble i alt solgt fem ganger på slavemarkedene der og i den sudanske hovedstaden Khartoum. Hennes første eier var en arabisk stormann som kjøpte henne som tjenestejente for sin datter. Hun ble godt behandlet inntil hun en dag knuste en vase som tilhørte sin eiers sønn. Han slo henne og krevde at faren kvittet seg med henne. Bakhitas andre eier var en tyrkisk offiser og hans familie. Kvinnene i husholdningen pisket Bakhita regelmessig. Som 13-åring ble hun tatovert med 114 snittsår, og salt ble strødd i sårene.
Hennes femte og siste kjøper var den italienske konsulen Callisto Legnani, som kjøpte henne i 1882 på slavemarkedet i Khartoum etter at den tyrkiske offiseren reiste hjem. Han behandlet henne godt, og for første gang siden hun ble kidnappet forsto hun, behagelig overrasket, at her brukte ingen pisken når de ga henne ordrer. I konsulens hjem opplevde Bakhita fred, varme og øyeblikk av glede, selv om den alltid ble tilsløret av lengselen etter sin egen familie, som kanskje var tapt for alltid. Den politiske situasjonen tvang konsulen å dra tilbake til Italia. Bakhita ba om å få bli med, og hun fikk tillatelse til å dra sammen med ham og en av hans venner, en viss Augusto Michieli.
Da de kom til Genova, gikk Legnani, etter sterkt ønske fra fru Michieli, med på å la Bakhita være med dem. Hun fulgte sin nye «familie», som slo seg ned i Zianigo, en del av Mirano Veneto i regionen Venezia, og Bakhita ble deres datter Mimminas barnepike og venn. Hun bodde sammen med denne familien i tre år. Men så kjøpte de et stort hotell i Suakin ved Rødehavet, og fru Michieli ble i 1888 nødt til å reise dit for å hjelpe mannen med driften av hotellet. Det var meningen at Bakhita skulle komme etter og bli serveringsdame der.
Etter råd fra administratoren for Canossa-søstrene i Venezia, Illuminato Checchini, ble Mimmina i mellomtiden betrodd til en kostskole drevet av Canossa-søstrene ved «Instituttet for Katekumener» i Venezia, og Bakhita ble med henne. Kongregasjonen var grunnlagt i 1808 av den hellige Magdalena Gabriela av Canossa, som kalte den «Døtre av Nestekjærligheten» (Institutum Filiorum a Caritate vulgo Canossiani - FdCC), men de kalles oftest Canossa-søstrene. Deres formål var å undervise fattige jenter, gjøre tjeneste i sykehus og katekese i menigheter.
I instituttet lærte Bakhita å kjenne den kristne Gud, og i ham gjenkjente hun den Gud som hun «erfarte i sitt hjerte uten å vite hvem han var» helst siden hun var barn og som hadde styrket henne under slaveriet. Da fru Michieli vendte tilbake fra Afrika etter ti måneder, kom hun for å hente datteren og Bakhita. Men da fikk hun et sjokk, for Josefina, som hun fortsatt betraktet som sin eiendom, ga med uvanlig fasthet og mot uttrykk for at hun ville bli hos Canossa-søstrene og tjene Gud. Fru Michieli ble sint over dette, og superioren skjønte at her måtte det høyere autoriteter til, så hun hentet patriarken og kongens stattholder. De erklærte at siden slaveri var illegalt i Italia, var Bakhita fri til å foreta sine egne valg.
Få uker senere, den 9. januar 1890, mottok Bakhita dåpens sakrament, sin første kommunion og fermingens sakrament (konfirmasjonen) av patriarken av Venezia, kardinal Domenico Agostino. Hun fikk da dåpsnavnene Josefina Margareta Fortunata Maria. Hun visste ikke hvordan hun skulle uttrykke sin glede, og fra da av ble hun ofte sett kysse døpefonten mens hun sa: «Her ble jeg en Guds datter!» For hver dag ble hun mer og mer klar over hvem denne Guden var, som hun nå kjente og elsket, og som hadde ført henne til ham på underfullt vis. Bakhita ble snart klar over sitt kall å bli ordenssøster. Den 7. desember 1893 trådte hun inn hos Canossa-søstrene, ble ikledd to år senere med ordensnavnet sr. Josefina (it: Giuseppina). Etter novisiatet ble hun utspurt om sitt kall av den nye patriarken, kardinal Sarto, den senere hellige pave Pius X (1903-14). Han ønsket henne velkommen i ordenen, og den 8. desember 1896 avla hun de høytidelige løftene i Verona, 27 år gammel.
Hun tilbrakte de resterende 50 årene av sitt liv som nonne. I 1902 ble hun overført til Schio nord for Padova i provinsen Vicenza, hvor hun arbeidet som syerske, kokk og portner og tok seg av de fattige. Hun fikk raskt ry for hellighet. Den 10. august 1927 avla hun evige løfter i Venezia. Hun ville gjerne ha vendt tilbake til Afrika for å arbeide for omvendelsen av sitt folk, men etter at en biografi om henne ble utgitt i 1930, ble hun en berømthet, og tiden gikk med til å holde taler, reise og samle inn penger til ordenen. Hun ble kalt «Madre Moretta». Fra 1936 til 1938 var hun i misjonsnovisiatet i Milano, igjen som portner. Deretter dro hun tilbake til Schio, hvor hun var under hele krigen.
Helsen hennes ble stadig verre og tvang henne ned i rullestol, men hun forble et mønster på hellighet og nestekjærlighet. På slutten av livet måtte hun gjennomleve lange, smertefulle år med sykdom. I sin smerte gjenopplevde hun den fryktelige tiden med slaveri, og mer enn en gang tryglet hun sykepleieren som stelte henne: «Vær så snill å løsne lenkene... de er så tunge!»
Hun døde den 8. februar 1947 i Schio, 78 år gammel. Hennes siste ord var: «Madonna! Madonna!». Hun lå på lit-de-parade i tre dager mens en uendelig rekke av sørgende gikk forbi for et siste farvel, og de sørgende merket seg at hennes lemmer forble bøyelige. Mødre løftet hennes hånd og la den på sine barns hoder og ba om hennes velsignelse. Store menneskemengder fulgte hennes båre til kirkegården. Hun hadde fått et stadig større ry for fromhet og velgjørenhet, og i Schio huskes hun fremdeles som «vår svarte mor,» la nostra Madre Moretta.
En prosess for saligkåring innledet tolv år etter hennes død med en undersøkelsesprosess på bispedømmenivå. Hennes heroiske dyder ble anerkjent den 1. desember 1978, noe som ga henne tittelen Venerabilis («Ærverdig»). Hun ble saligkåret den 17. mai 1992, samtidig med den hellige Josemaria Escriva, av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Den 10. februar 1993 vendte Bakhita endelig hjem. Paven var i Khartoum i Sudan på sin tiende apostoliske valfart til Afrika, og generalsuperioren for Canossa-søstrene brakte ham i katedralen en byste som inneholdt hennes relikvier. Hun ble helligkåret den 1. oktober 2000 av pave Johannes Paul II på Petersplassen i Roma. Hennes minnedag er dødsdagen 8. februar. Hun er den første fra Sudan som har blitt salig- og helligkåret. Hun er nå et symbol på tro og enhet for det lidende landet. Hvert år feires hennes minnedag i alle bispedømmer og sogn.