Den materielle nøden var stor i området under krigen, og på skolen led Frans betydelig på grunn av deres fattigdom. Den 19. februar 1917 giftet Rosalia seg med bonden Heinrich Jägerstätter. På bryllupsdagen adopterte hennes nye mann unge Frans og ga ham sitt navn, og gutten flyttet for å bo sammen med dem på gården. Dette betydde en helt ny tilværelse, for på en gård var det ingen matmangel. Ettersom ekteparet Jägerstätter ikke fikk noen egne barn, ble Frans arving til gården.
Frans' stefarfar Matthäus Jägerstätter (d. 1930) abonnerte på en avis og eide mange bøker, og lesing ble viktig for gutten. Han uttalte senere at den som ikke leste, ikke kunne stå på egne ben, men ble en kasteball for andres meninger. Etter at Frans var ferdig med grunnskolen, begynte han å hjelpe sin stefar i arbeidet på gården. Mens han tilbrakte dagene der, brukte han ofte kveldene til å drikke og slåss med grupper fra andre landsbyer. I 1934 tilbrakte Frans til og med noen dager i fengsel for å ha slåss med noen patruljerende grensevakter. Til tross for sin ville oppførsel gikk Frans fortsatt regelmessig til messe, og han leste også en god del.
I 1927 arbeidet Frans i tre måneder på en bondegård i Teising i Bayern, og deretter arbeidet han i tre år i jerngruvene i Erzabbau i Eisenerz i Steiermark. I det sosialdemokratiske anti-katolske miljøet der ga han en periode opp sin religiøse praksis. I 1930 vendte han tilbake til gården, og som den første i landsbyen eide han en motorsykkel. Da hans adoptivfar døde barnløs den 8. mai 1933, arvet han gården. På denne tiden snakket Frans med en prest om å gå i kloster, men presten minnet ham om at hans mor ikke hadde noen som kunne ta seg av henne, og dermed ga Frans opp tanken på et ordensliv. Deretter førte han igjen et verdslig liv, og i 1933 ble han far til den utenomekteskapelige datteren Hildegard.
Men i 1935 traff han en from ung kvinne ved navn Franziska Schwanninger, som var født den 4. mars 1913 i en stor bondefamilie i Hochburg i Oberösterreich. Hennes foreldre var Lorenz Schwanninger og Maria Zeitelmeier. Hun arbeidet på foreldrenes gård og på kjøkkenet i et vertshus, og tjente dessuten et par groschen på å sette opp kjeglene på kjeglebanen. Og der møtte hun Franz Jägerstätter. På skjærtorsdag den 9. april 1936 giftet hun seg med den 28-årige Frans. Det unge paret ga avkall på en bryllupsfest og dro i stedet på en pilegrimsreise til Roma for å besøke de hellige steder og delta på en audiens med pave Pius XI (1922-39). Ekteparet fikk tre døtre, Rosalia (f. 1937), Maria (f. 1938) og Aloisia (f. 1940). Frans var den første mannen i landsbyen som var sett med en barnevogn, og han utviklet et for sitt miljø usedvanlig tett forhold til sine tre små døtre.
Ekteskapet ble vendepunktet i Frans' liv. Ektefellene ba sammen, og Bibelen ble hverdagslesning. Frans fromhet ble stadig dypere med daglig messe, hyppig mottak av eukaristien og daglig religiøs lektyre. Han fastet til klokken tolv, arbeidet på sin gård og var fra 1941 også kirkens sakristan. Han foretok hyppige valfarter til Altötting og overrasket i det hele tatt alle med sin nye levemåte.
Da nazismens nærvær ble stadig tydeligere i Østerrike, ble Frans en uttalt motstander av denne ideologien. I januar 1938 hadde han en drøm som gjorde det tydelig for ham at den katolske og den nazistiske verdensanskuelse ikke kunne forenes. Den 11. mars 1938 marsjerte tyskerne inn i Østerrike. Etter det ble Frans tilbudt stillingen som borgermester i landsbyen, men han avslo. Den 10. april ble det holdt folkeavstemming om Østerrike skulle innlemmes i Tyskland (Anschluss). Frans ble advart om at han ville komme i vanskeligheter hvis han stemte mot nazistene. Men hans samvittighet tillot ham ikke å handle annerledes, og han var den eneste i landsbyen som stemte nei. Myndighetene i landsbyen så imidlertid bort fra hans stemme og innrapporterte 100 % ja-stemmer. De offisielle tallene for hele Østerrike viste en valgdeltakelse på 99,7 % og av dem stemte 99,73 % ja. Frans betegnet senere denne dagen som «Østerrikes skjærtorsdag», for «der lot Kirken i Østerrike seg ta til fange».
Frans' motstand mot nazismen viste seg først i at han trakk seg stadig mer bort fra det offentlige liv i landsbyen. I 1940 ble landsbyens sogneprest Karobath arrestert på grunn av en «undergravende» preken, men menigheten sto bak sin prest. Da en kvinne anga ti regimemotstandere til Gestapo, var Frans Jägerstätter blant de forrådte. Men brevet ble fanget opp av et kvinnelig postbud, som brakte det til borgermesteren. Han lot det ganske enkelt forsvinne, og så skjedde det ikke noe mer. I dekanatet Ostermiething, som St. Radegund tilhørte, ble åtte av de tolv prestene arrestert, blant dem flere venner av Frans og begge de to prestene som stammet fra St. Radegund. Dette styrket ham ytterligere i hans avvisning av nasjonalsosialismen.
Sommeren 1940 ble den 33-årige Frans innkalt til den tyske hæren, men etter borgermesterens inngripen kunne han etter noen få dager vende tilbake til sin gård. I oktober 1940 ble han igjen innkalt til grunnutdannelse i Enns. Der trådte han den 8. desember 1940 sammen med en medsoldat inn i fransiskanernes tredjeorden. I 1941 fikk han i Ybbs vite om praksisen med eutanasi på psykisk syke. Etter syv måneder i hæren fikk han i april 1941 vende tilbake til familien fordi landsbyen erklærte at han var «uunnværlig» som bonde. Deretter arbeidet han fra 1941 som sakristan i sitt hjemsogn.
Frans visste at han kunne bli innkalt på nytt, men han visste også at han ikke kunne tjene i det militære og kjempe for Hitlers verdensherredømme. For ham ville det være å aktivt delta i noe ondt. Han søkte råd fra slektninger og prester, også biskop Joseph Calasanctius Fließer av Linz, men av alle fikk han det råd å akseptere militærtjenesten. Deres argumentasjon var logisk: dersom Frans nektet å avtjene verneplikten, ville det ikke bety noe for krigsinnsatsen, men det kunne føre til at han selv fikk dødsdom. Ved siden av hans ansvar for hustruen hadde han også de tre døtrene å tenke på. Frans var svært nedslått etter samtalen med biskopen, fortalte datteren Maria i et intervju i anledning saligkåringen.1
Hustruen Franziska støttet ham, selv om hun var klar over hva konsekvensene kunne bli, for som hun senere sa: «Dersom jeg ikke hadde støttet ham, hadde han ikke hatt noen». Til tross for alle motargumentene ble Frans stadig mer overbevist om at han ikke kunne støtte nazistenes krigsinnsats og fortsatt være katolikk. De andre innbyggerne i landsbyen begynte å se på Frans som en religiøs fanatiker. Han ga også avkall på all økonomisk støtte fra regimet, selv den fullstendig upolitiske. Han søkte for eksempel ikke om erstatning etter at avlingen var ødelagt av hagl, og han avsto fra statlig barnetrygd. Han ga aldri noe til nazipartiet NSDAP, selv om han ellers var kjent som svært sjenerøs.
Til slutt fikk den 35-årige Frans den 23. februar 1943 den uunngåelige ordren om militærtjeneste. Han møtte opp i kasernen i Enns den 1. mars, men nektet å avlegge lojalitetseden til Hitler. Avhørene startet da straks, og dagen etter ble han sendt fra Enns til et militærfengsel i Linz (Wehrmachtsundersuchungsgefängnis). Der traff han for første gang meningsfeller og hørte om motstandshandlinger.
Frans brev til sin hustru viser hans omsorg for familien, spesielt døtrene Maria, Aloisia og Rosalia. Han tilbrakte tiden i fengselet med å be, skrive en åndelig dagbok og trøste andre fanger. Den 4. mai ble han overført til et fengsel i Tegel i Berlin. Han avslo flere ganger å trekke tilbake sin militærnekting (Wehrdienstverweigerung), så den 6. juli ble han stilt for retten for Det tyske rikets militærtribunal (Reichskriegsgericht) i Charlottenburg i Berlin under Werner Lueben. Han ble kjent skyldig i å ha skadet krigsinnsatsen (Zersetzung der Wehrkraft) og ble dømt til døden samt tap av retten til militærtjeneste og alle borgerrettigheter. Retten gikk ikke inn på hans tilbud om å avtjene sanitetstjeneste.
Franziska og sognepresten i St. Radegund kom til Berlin i juli, og ekteparet fikk bare tyve minutter til å si farvel til hverandre. Om kvelden den 8. august 1943 fikk Frans lov til å skrive et siste brev. En mindre mann kunne ha gitt opp og gått med på å gå på akkord med sin samvittighet, en annen kunne ha blitt bitter på nazistene. Men Frans var annerledes. Han hatet det nasjonalsosialismen sto for, men han hatet ikke nazistene. Han skal ha sagt: «Bedre å få hendene lenket enn viljen».
Tidlig om morgenen neste dag, den 9. august 1943, ble Frans Jägerstätter ført fra Berlin til Brandenburg an der Havel. Ved middagstid ble han meddelt at dødsdommen var stadfestet og at den ville bli fullbyrdet klokken 16. Sogneprest Jochmann fra Brandenburg tilbrakte lengre tid med ham, og den dødsdømtes ro og fattethet gjorde sterkt inntrykk på ham. Klokken 16 ble Frans Jägerstätter halshogd i fengselet med giljotin som den første av den dagens 16 ofre, in odium fidei, uti fertur, interfecti («formodentlig drept av hat til troen»), og hans legeme ble kremert. Om kvelden sa p. Jochmann til østerrikske ordenssøstre at han i Frans Jägerstätter hadde møtt den eneste helgenen i sitt liv.
P. Jochmann fikk vite av det sivile krematoriet og kirkegårdsforvalteren hvor Jägerstätters urne var bisatt. Ordenssøstrene plantet blomster på graven, og etter krigen brakte de urnen med hans aske tilbake til hjemlandet på sin første reise til moderhuset i Vöcklabruck. Den 9. august 1946 ble urnen bisatt ved kirkemuren i St. Radegund, nøyaktig tre år etter hans død. På hans grav står et typisk østerriksk krusifiks med følgende ord fra Matteusevangeliet: «Den som vil berge sitt liv, skal miste det. Men den som mister sitt liv for min skyld, han skal finne det» (Matt 16,25). Etter heftige motsetninger i landsbyen klarte p. Karobath å få gjennom at navnet Frans Jägerstätter ble oppført på krigsminnesmerket blant de døde under Andre verdenskrig.
Frans' enke Franziska ble mange ganger beskyldt for å være medskyldig i sin manns død fordi hun ikke hadde fått ham bort fra ideen om å nekte krigstjeneste. Etter krigen fortsatte hun arbeidet på gården med hjelp fra sin søster og sin far. Hun overtok embetet som sakristan etter sin mann, og dette hadde hun i over tretti år. Hun var dessuten lektor, kommunionsutdeler og leder av menighetens katolske kvinnebevegelse.
Frans ble i Østerrike ikke anerkjent som offer for politisk motstand etter Opferfürsorgegesetz (OFG) av 1947. Myndighetenes begrunnelse var at desertering er straffbart i alle verdens hærer. Ifølge en rapport fra Gendarmeriepostenkommandos Ostermiething i 1948 nektet Jägerstätter å tjenestegjøre i Hitlers hær på grunn av «sjelelig depresjon og religiøs overbevisning», og disse faktorene hadde etter de østerrikske myndighetenes syn ikke noe med kampen for demokrati og for Østerrike å gjøre.
I 1946 ville p. Karobath skrive en artikkel i Linzer Kirkenzeitung om «Tilfellet Jägerstätter», men biskop Joseph Fließer forbød offentliggjøringen.2 Han sa at han betraktet dem som i heroisk pliktoppfyllelse ble på sin post i overbevisning om at det var Guds vilje, som større helter.3 Mens tildeling av enkepensjon vanligvis var ren rutine og tidligere SS-soldater fikk sin krigstjeneste regnet med som grunnlag for sin pensjon, ble Franziska først i 1950 tilkjent enkepensjon etter OFG.
Det tok flere tiår før Frans Jägerstätter langsomt begynte å bli oppvurdert. I 1964 kom boken In Solitary Witness. The life and death of Franz Jägerstätter av den amerikanske sosiologen Gordon C. Zahn ut i USA, og den inspirerte den kristne fredsbevegelsen Pax Christi i USA og styrket Daniel Ellsberg i hans engasjement mot Vietnamkrigen. Det var først da Zahns bok ble gitt ut i tysk oversettelse i 1967, at Frans Jägerstätter ble kjent i hele Østerrike. Historikeren Friedrich Heer leste den allerede i 1964 og ga den til kardinal Franz König og professor Kurt Schubert (1923-2007), som på denne måten hørte om Jägerstätter for første gang. Axel Corti regisserte i 1971 en film med tittelen Der Fall Jägerstätter («Tilfellet Jägerstätter») med den berømte østerrikske skuespilleren Kurt Weinzierl i hovedrollen, og den sørget for en viss debatt. I 1968 viet den berømte amerikanske trappisten og forfatteren Thomas Merton (1915-68) et kapittel til Frans Jägerstätter i sin bok Faith and Violence. Christian Teaching and Christian Practice.
I den såkalte Ringstrassendom eller Votivkirche i Wien ble alle glassmaleriene ødelagt under krigen. Ved en omfattende restaurering (1960-73) lagde de akademiske malerne Hans Schweiger og Christine Räntz-Feldmann nye glassmalerier med tema «Personligheter fra den østerrikske kirkehistorien», og et av dem hadde som tema Motstand og Frans Jägerstätter. Initiativtaker var den daværende prosten Anton Maria Pichler. Et av vinduene avbilder også den ærverdige Hildegard Burjan (1883-1933), ordensgrunnlegger og kristeligsosial politiker, som trolig vil bli saligkåret i 2008. Prost Pichler arvet i 1967 en sum fra den avdøde kammersangerinnen Maria Nemeth som ble brukt til vinduet som avbildet Frans Jägerstätter.
Fra 1990 til 2004 holdt den tradisjonalistiske katolske forfatteren Dr. Michael Davies forelesninger om Jägerstätter, hvor han stilte ham opp som et forbilde for katolikker i dagens liberal-sosial-hedonistiske samfunn. Fra 1983 har Mag. Dr. Erna Putz, en østerriksk katolsk journalist og teolog som skrev en avhandling om Frans Jägerstätter, hvert år på hans dødsdag 9. august arrangert minnefeiringer i Ostermiething og St. Radegund. Fra 1986 deltok tidligere soldater i den tyske Wehrmacht som medarrangører av minnemarkeringene. I 1984 ga Østerrikes president en spesiell æresbevisning til Frans. Flere og flere østerrikere har begynt å se på dem «religiøse fanatikeren» som en nasjonalhelt. Selv den tyske regjeringen har erklært at rettssaken ikke var rettferdig og at Frans ble dømt utelukkende for at det nazistiske diktaturet skulle fortsette. Den 7. mai 1997 opphevet Berliner Landgericht dødsdommen etter søknad fra fru Franziska Jägerstätter og døtrene.
Bispedømmet Linz ga ut et hefte med bønner av Frans. Den tsjekkiske komponisten Pavel Smutný (f. 1975) komponerte i 1998/99 Missa Heroica til fremme av Frans' saligkåringsprosess. I 1993 ga det østerrikske postverket ut et frimerke i forbindelse med 50-årsminnet for Frans' dødsdag. Samtidig ble hans bondegård gjort om til et minnesmerke. I august 2006 fikk en park i Braunau am Inn navnet Franz-Jägerstätter-Park etter den tidligere «forræderen», med Østerrikes president Dr. Heinz Fischer og den 93-årige enken Franziska Jägerstätter til stede. Men en lokal meningsmåling viste at 80 % av dem som våget å ytre seg, var mot omdøpingen av parken etter en «feiging som lot fedrelandet og sin familie i stikken».4
Frans Jägerstätter var ikke pasifist og ville nok ha avtjent verneplikten i den østerrikske hæren, men han ville ikke gå i krigen for nazistene og Hitler. Noen ser ham i den kristne tradisjon av bellum iustum, den rettferdige krig, som teologen Dr. Johann Berger fra Der Landesverteidigungsakademie, mens andre betrakter ham i den religiøse tradisjon til pasifismen hos en Frans av Assisi, som Dr. Klaus Heidegger fra Pax Christi.5
Det katolske hierarkiet i Østerrike var lenge splittet når det gjaldt synet på Frans Jägerstätter. Frem til 1963 tillot ikke biskopen av Linz at det ble offentliggjort noen artikler om Jägerstätter i bispedømmets ukeavis. Den tidligere erkebiskopen av Wien, kardinal Hans Hermann Groër (1986-95; d. 2003), avviste å støtte Jägerstätters sak betingelsesløst, noe som sto i klar kontrast til holdningen til hans forgjenger, kardinal Franz König (1956-85; d. 2004), som var blant de fremste forkjemperne for Jägerstätter og mente at han hadde gjort sin plikt som kristen.
I St. Radegund omegn var det flere som truet med å gå ut av Den katolske kirke dersom Frans Jägerstätter skulle bli helligkåret. Denne splittede holdningen i Østerrike gjenspeiler naturligvis landets ambivalente status som nasjonalsosialistisk offer og som gjerningsmann. Det offisielle Østerrike har inntatt det standpunkt at landet var det første offeret for den nasjonalsosialistiske aggresjonspolitikken, men til tross for betoningen av denne offerstatusen mener likevel fortsatt de fleste østerrikere at de under Andre verdenskrig kjempet for å forsvare sitt fedreland. Overalt i landet ble det etter krigen reist minnesmerker over de døde, og på mer enn halvparten av dem betegnes soldatene som falt i den tyske hær som helter.
Den 20. mai 1987 holdt bispedømmet Linz en minnefeiring i anledning Jägerstätters 80. fødselsdag, og det var første gang bispedømmet viste sin trosfelle Frans Jägerstätter en slik ære. Medlemmer av fredsbevegelsen i USA var til stede, og det samme var biskop Thomas J. Gumbleton fra Detroit. Biskop Maximilian Aichern av Linz og biskop Gumbleton ledet sammen minnegudstjenesten. I sin preken erklærte Gumbleton at den nordamerikanske fredsgruppen «Sverd til plogskjær» for en stor del hadde fått inspirasjon fra Jägerstätter til sine ikkevoldsaksjoner mot den amerikansk-sovjetiske opprustningen.
Allerede i 1989 ble saligkåringsprosessen uoffisielt innledet da daværende biskop av Linz, Maximilian Aichern (1982-2005), sørget for at det ble foretatt avhør av vitner som hadde kjent Frans Jägerstätter. Etter at Vatikanet hadde gitt sitt nihil obstat («intet hindrer») (nihil obstat ad introductionem Causae ex parte Sanctae Sedis) den 22. september 1993, og etter å ha innhentet grønt lys fra den østerrikske bispekonferansen, en historisk-teologisk kommisjon og domkapitlet i Linz, ble saligkåringssaken offisielt åpnet i 1997. Den 21. juni 2001 ble saken avsluttet på bispedømmenivå, og aktene ble overgitt til Helligkåringskongregasjonen i Roma. Viktig for denne prosessen var det teologiske arbeidet til den nåværende biskopen av Innsbruck, Manfred Scheuer (2003- ), om Jägerstätters martyrium. Han var postulator for bispedømmeprosessen.
Den 4. november brakte kardinalerkebiskop Christoph Schönborn o.p. av Wien sammen med andre biskoper og en delegasjon fra St. Radegund og Ostermiething et av Jägerstätters originalbrev til kirken San Bartolomeo i Roma, som pave Johannes Paul II (1978-2005) hadde viet til minnet om martyrene fra det 20. århundre.
Den 1. juni 2007 undertegnet pave Benedikt XVI dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som anerkjente Frans Jägerstätters død som et martyrium in odium fidei – «av hat til troen», og han fikk dermed tittelen Venerabilis, «Ærverdig». Han ble saligkåret den 26. oktober 2007 i katedralen St. Maria (Mariendom) i Linz i Østerrike. Som vanlig under dette pontifikatet ble seremonien ikke ledet av paven selv, men av hans representant, i dette tilfelle kardinal José Saraiva Martins CMF, prefekt for Helligkåringskongregasjonen i Vatikanet. Hovedcelebrant i messen var biskop Ludwig Schwarz av Linz, mens koncelebranter var de østerrikske biskopene med kardinal Christoph Schönborn i spissen. I den enkle bonden og sakristanen Frans Jägerstätters ånd ble saligkåringsmessen feiret som en folkelig messe med salmesang (Gottesdienst mit Volksgesang). Politiske og økumeniske representanter deltok også i messen sammen med troende fra mange europeiske land og fra USA, hvor Jägerstätter har blitt en symbolskikkelse i fredsbevegelsen. Medarrangører for messen var Pax Christi og Sakristanforeningen (Der Mesnervereinigung).
Til stede i saligkåringsmessen var også Jägerstätters 94-årige enke Franziska og hans døtre med deres familier. Fransiska Jägerstätter hadde da 14 barnebarn og 17 oldebarn, og den 16. april 2007 ga Landeshauptmann (delstatsregjeringssjef) Dr. Josef Pühringer (ÖVP) henne forbundsstaten Oberösterreichs Goldene Verdienstzeichen. Hun bodde sammen med datteren Maria i St. Radegund, inntil hun døde den 16. mars 2013, omgitt av sin familie i St. Radegund i Oberösterreich. Den 4. mars hadde hennes hundreårsdag blitt feiret med en stor messe, men selv var hun for syk til å kunne delta.
I begynnelsen av saligkåringsmessen hilste biskop Schwarz alle tilstedeværende biskoper og andre hedersgjester velkommen med navns nevnelse, og alle ble hilst med applaus. Da biskopen ønsket fru Franziska Jägerstätter spesielt velkommen, tordnet applausen i domkirken og ville knapt ta slutt. Etter at kardinal Martins hadde lest opp dokumentet fra pave Benedikt XVI som erklærte Frans Jägerstätter salig, ble et stort portrett av den nye martyren rullet ut, og det tradisjonelle høytidelige trefoldige «Deo gratias» som koret skulle til å synge, ble avbrutt av langvarig applaus. Det troende folk hilste og æret på denne måten spontant sin nye salige. Mens koret til slutt fikk begynt på sitt «Deo gratias», ble et relikvar med relikvier av Jägerstätter båret frem. Det ble først gitt til fru Jägerstätter på første benk, som kysset det to ganger, og det ble deretter overgitt til biskop Schwarz. Så fulgte messen som vanlig, med første lesning lest av en representant for Pax Christi og andre lesning av Frans Jägerstätters biograf, dr. Erna Putz. Forbønnene var på tysk, engelsk og italiensk med svar på latin. De ble lest av mennesker med ulik tilknytning til Frans Jägerstätter, blant dem en av hans datterdøtre, en general i Østerrikes Bundesheer i full uniform og en krigsveteran.
Frans' minnedag er dødsdagen 9. august.
26. oktober er Østerrikes nasjonaldag. Om morgenen før østerriksk statsfjernsyn (ORF) overførte saligkåringsmessen direkte, viste de filmen Gott hab' ihn selig – Der Leherbauer Franz Jägerstätter av Bettina Schimak. Denne filmen viser at det fortsatt på Jägerstätters hjemsted St. Radegund hersker «ambivalente følelser» når det gjelder hans tragiske skjebne. Fortsatt er det dem som mener at Jägerstätter gjennom sin «ubøyelige holdning» lot sin familie i stikken. En tidligere soldat i Wehrmacht fra St. Radegund, som satt syv år i sovjetisk krigsfangenskap, ser i saligkåringen en fordømmelse av dem som ikke handlet som Jägerstätter. Jägerstätters datter Maria Dammer minner på den andre side om at «alle som falt, var automatisk helter. De som nektet krigstjeneste, ble sett på som mistilpassede individer». Borgermesteren i St. Radegund sier at Jägerstätter vel fremfor alt «tilhører sin familie – men deretter oss, den St. Radegundern». For biskop Manfred Scheuer, som i mange år har hatt et ivrig engasjement for Franz Jägerstätters saligkåring, er Jägerstätter «en martyr – død for Det første Bud».