Forfølgelsene av Kirken vendte tilbake til Europa med Den franske Revolusjon. Den kom etter en periode med ro i Frankrike, en ro som imidlertid hadde en høy pris: statlig kontroll over kirkelige saker under Ancien régime. Denne unionen mellom stat og Kirke førte til at revolusjonen mot staten også snart omfattet Kirken. Før revolusjonen hadde Frankrike den største katolske befolkningen i Europa og det største antall klostre, og var også hovedleverandør av teologiske og åndelige bøker.
I hovedsak var det konkordatet av 1516 som fortsatt regulerte forholdet mellom Kirke og stat. Det ga mye makt til kongen, inkludert valget av abbeder og biskoper, som rutinemessig ble meddelt paven for godkjennelse i navnet. Presteskapet utgjorde en av stendene av samme betydning som adelen og borgerne. Antallet sekular- og ordensprester var omtrent 120.000. De hadde sin egen forsamling og sitt eget rettssystem. Kirken eide omtrent 10% av all jord i Frankrike. I øynene til store deler av befolkningen var munker og kanniker en unødvendig byrde for økonomien, men sognegeistligheten ble vanligvis ansett for å spille en viktig rolle i undervisningen og på andre områder og ble høyt aktet. Men blant det fremvoksende borgerskapet sørget innflytelsen fra philosophes for en økende konkurransen for Kirken.
Misbruk eksisterte, men det ville være urettferdig å karakterisere Kirkens tilstand som dekadent. Genuint samvittighetsfulle biskoper var regelen snarere enn unntaket, og det samme var tilfelle med prestene. Men en viss arroganse og tendens til å klamre seg til privilegier og beneficier forekom oftere enn teologisk bevissthet. Blant sognegeistligheten, som nesten ikke ble konsultert av biskopene, var det et økende rop på reformer, og prestene presset på for at det skulle avholdes bispedømmesynoder der deres røst kunne bli hørt.
Kong Ludvig XVI innkalte etter sterkt press riksstendene - geistligheten (førstestanden), adelen (andrestanden) og borgerskapet (tredjestanden) - til rådslagning i Hôtel des Menus-Plaisirs i Versailles den 5. mai 1789. Det møtte 291 geistlige (lavgeistligheten utgjorde flertallet), 270 adelsmenn og 578 representanter for borgerskapet. Denne tredjestanden vedtok den 17. juni, etter forslag fra presten Emmanuel Joseph Sieyès (1748-1836), å konstituere seg som Frankrikes nasjonalforsamling. To dager senere sluttet flertallet av førstestanden seg til tredjestanden. Den 20. juni avla de ed på at de ikke skulle skilles før de hadde gitt landet en ny forfatning.
Den franske revolusjon brøt ut med stormingen av Bastillen den 14. juli 1789. Revolusjonens mål var opprinnelig å rette opp all den uretten som folket led under det aristokratiske styret, og geistligheten gikk med på avskaffelsen av føydalismen og tiender, med de radikale konsekvenser dette fikk for Kirken. Men litt etter litt endret lederne revolusjonen til en rabiat anti-katolsk forfølgelse.
Den franske revolusjonens anti-katolske karakter kan ses gjennom de dekreter den utstedte. Kirken ble dratt inn i revolusjonen fordi den ble regnet som en hovedstøtte for det gamle, råtne systemet, selv om flere geistlige sluttet seg til de demokratiske krav. Særlig fristende var det naturligvis å inndra kirkegodset, for på den måten å minske statsgjelden. Den 4. august ble tienden opphevet, og for å redde staten fra konkurs, stilte den nasjonale grunnlovgivende forsamlingen den 2. november 1789 all kirkelig eiendom til disposisjon for nasjonen, det vil si en ren konfiskering, og presteskapet ble lønnede statstjenestemenn. Dette skjedde på forslag fra biskopen av Autun, Charles Maurice de Talleyrand-Pèrigord (1754-1838), uten at den antikirkelige stemning blant stendene ble mindre. Biskop Talleyrand-Pèrigord skulle bli en genial utenriksminister under Napoleon. Han ble lyst i bann av pave Pius VI i 1790.
Annatene ble opphevet, og Avignon søkte om å bli innlemmet i Frankrike. For etter utbruddet av revolusjonen hadde det også brutt ut uro i pavens besittelser Avignon og Venaissin. Dette, samt de franske biskopenes ekstremt gallikanske innstilling, avholdt først Pius VI (1755-98) fra å ta offentlig stilling til revolusjonen. Men han inntok en negativ holdning til disse endringene og protesterte i hemmelighet. Dette var for ikke å kompromittere Ludvig XVI, men han trodde også at revolusjonen var en forbigående fase.
Den 13. februar 1790 erklærte forsamlingen at munker og nonner var frie til å forlate sine klostre. Alle mannlige ordener og kongregasjoner ble oppløst, unntatt de som var direkte involvert i utdannelse og sykepleie. Men heller ikke disse ordenene fikk lenger ta opp nye medlemmer, og fremtidige monastiske løfter ble forbudt. Nonneordener fikk sine hus isolert, men søstrene kunne foreløpig bli boende i dem.
Men alt dette var fortsatt ikke et forsøk på å ødelegge Kirken, men å knytte den til revolusjonen. Men debatten om økende religiøs toleranse i forbindelse med Menneskerettighetserklæringen førte til at geistligheten tok mer og mer avstand fra revolusjonen.
Etter at forsamlingen hadde tatt seg av ordenene, vendte den sin oppmerksomhet mot sekulargeistligheten. Den 12. juli 1790 trådte loven om kirken som statlig embetsverk i kraft, den såkalte «geistlighetens sivilforfatning» (constitution civile du clergé). Der ble antall franske bispedømmer redusert fra 136 til 83 med samme grenser som de nye sivile départements. Utnevnelse av biskoper og sogneprester ble overført til de politiske organer, og de skulle velges av folket på samme måte som sivile magistrater, og prestene ble statstjenestemenn. Med dette dekretet aktet forsamlingen å konstituere en nasjonal kirke i Frankrike, fullstendig uavhengig av paven.
Den splittede franske geistligheten vendte seg til paven for veiledning og ledelse. Pave Pius VI, som hadde høyere tanker om kong Ludvig XVI enn noen andre på den tiden, var overbevist om at den franske monarken ville løse sitt lands problemer, og derfor utsatte han noen erklæring. Men kongens svakhet og kraftløshet ble avslørt i desember 1790 da han bekreftet presteskapets pålegg om å avlegge eden til støtte for Sivilkonstitusjonen.
Forsamlingen gikk enda lenger den 27. november 1790, da den vedtok et dekret som sa at alle geistlige skulle avlegge en lydighetsed til staten, lovene, kongen og konstitusjonen, og dermed også implisitt godta Sivilkonstitusjonen. De geistlige forsto konstitusjonens anti-katolske og anti-pavelige tendens, men noen følte at de kunne avlegge eden med reservasjoner, mens andre var av en annen mening. Prester og biskoper som nektet å avlegge eden, skulle stilles for retten. Straffen var tap av statsborgerskap, og prester risikerte å bli forfulgt som fredsforstyrrere.
I januar 1791 skulle eden avlegges. Men til tross for truslene ble den likevel bare avlagt av 1/3 av den grunnlovgivende forsamlingens egne geistlige medlemmer, bare tre av Frankrikes biskoper og halvparten av prestene, ned til bare 10% i enkelte regioner. Mange av de som avla eden, kalte den tilbake. Nasjonalforsamlingen handlet for å fjerne prester som nektet, og brukte biskoper som hadde avlagt eden, til å konsekrere nye og medgjørlige biskoper.
Da ble pave Pius VI tvunget til å reagere. I landet som helhet hadde omlag halvparten avlagt ed da han i de to brevene Quod aliquantum av 10. mars og Caritas, quae docente Paulo av 13. april 1791 fordømte revolusjonen, Sivilforfatningen og den konstitusjonelle kirke - og dermed også uttrykkelig menneskerettighetserklæringen av 23., 24. og 26. august 1789. Han fordømte konstitusjonen fordi den var basert på kjetterske prinsipper og stred mot Kirkens guddommelige konstitusjon. Han avviste også at den kirkelig makt hviler på den sivile myndighet eller at valget av hyrder i Kirken tilhører folket, og han erklærte konsekrasjonen av de nye statsbiskopene for vanhelligelse. Han krevde at de geistlige som hadde avlagt ed på sivilforfatningen, skulle suspenderes hvis de ikke innen førti dager trakk tilbake eden.
De som nektet eden, de såkalte edsnekterne, måtte forlate sine sogn til fordel for «konstitusjonelle» prester. Av edsnekterne forlot noen Frankrike og dro til nabolandene og andre dro til Paris, hvor det var mulig å leve i anonymitet og i hemmelighet gjøre tjeneste for de katolikkene som valgte å forbli lojale mot Kirken. Mange av disse prestene, ute av stand til å gjøre tjeneste i full offentlighet, tok stillinger som kapellaner i de mange klostrene i Paris.
Da pavens fordømmelse ble kjent i Frankrike, inntrådte det en nedslående forvirring og splittelse. Mange trakk eden tilbake, og det store flertall (3/4) av det lavere presteskap og de fleste biskopene (unntatt fire biskoper og tre hjelpebiskoper) nektet å avlegge ed, og edsnekterne ble oppmuntret i sin kamp mot myndighetenes antikatolisisme. Men pavens inngripen førte også til at de gallikanske følelsene blomstret opp, og et økende antall avla eden. Kirken var dypt splittet i en «konstitusjonell» og en «edsnektende» kirke, med underliggende filosofiske og ekklesiologiske holdninger som påvirket den ulike tilnærmingen til spørsmålet. Den konstitusjonelle geistligheten ble lønnet av staten, mens «edsnekterne» sørget menighetene selv for. Mange av de troende begynte å tvile på gyldigheten av sakramentene som ble forvaltet av edsprestene.
I september 1791 ble de pavelige grevskapene Avignon og Venaissin, som lå i Frankrike, frarøvet Kirkestaten. Paven gjorde Frankrike enda mer rasende ved å gi sin støtte til Den første Koalisjon mot landet, og ved gjestfritt å motta mange rojalistiske flyktninger. Bruddet i de diplomatiske forbindelsene mellom Frankrike og Den hellige Stol kom i mai 1791.
Den lovgivende forsamling tok over for Den grunnlovgivende forsamling den 1. oktober 1791. Blant dens vedtak var en fornyelse av dekretet om at edsnekterne måtte avlegge eden, ellers ville de bli mistenkt for opprør mot fedrelandet. Med edsnekterne sto fast ved sin avgjørelse om å være trofast mot Kirken. Forsamlingen begynte å forfølge sine motstandere, selv om dens opprinnelige syn var at dette stred mot frihetsprinsippet slik det var definert i Menneskerettighetserklæringen.
Mens Frankrike gjennomlevde sin revolusjon, fikk landet nye vanskeligheter med sine naboer. Både Preussen og Østerrike så på den franske revolusjonen som en trussel, og derfor invaderte de Frankrike for å beskytte seg selv og sine monarkistiske regjeringer. Den 20. april 1792 brøt det ut krig mellom Frankrike og Østerrike/Preussen. Det skulle bli innledningen til 23 års praktisk talt sammenhengende krig. Men for Preussen lå krigsmålet i Polen, og for Østerrike i Bayern. Etter en rekke franske seire kom Belgia under fransk kontroll. Pius VI utnevnte den edsnektende Abbé (sogneprest) Maury som legat til den tyske keiseren etter at Frankrike hadde erklært krig mot Østerrike og Preussen. Etter det ble det å nekte å avlegge eden av lojalitet til paven sett på som en handling mot staten til støtte for fiendtlige makter.
Nå var Ludvig XVIs dager som ineffektiv hersker var over. Den 9. august 1792 ble kongen styrtet av en mobb av opprørere, fylt med revolusjonære og egalitære ideer, og kongefamilien ble kastet i fengsel. Dagen etter annonserte den lovgivende forsamlingen den offisielle avskaffelsen av monarkiet og etablerte en kommune i dets sted. Ludvig XVIs hode falt for giljotinen den 21. januar 1793. Pius VI holdt en sørgegudstjeneste og erklærte at kongen var falt som offer for sine fienders hat og på grunn av sin hengivenhet til den katolske tro.
«Den andre revolusjonen» av 10. august 1792 førte til at det ble laget en revidert ed, den såkalte «Liberté - Egalité» -eden. Dette var begynnelsen på Terrorregimet. Mellom 15. og 31. august vedtok forsamlingen nesten daglig lover mot det edsnektende presteskapet, og den 26. august vedtok den at de skulle deporteres til Sør-Amerika. Etter at kommunen tok over byen, streifet revolusjonære rundt i byen og arresterte alle de edsnektende prestene de kunne finne. Fordi fengslene allerede var fylt opp av politiske fanger, gjorde kommunen om flere seminarer og klostre i Paris om til provisoriske fengsler for prestene som hadde nektet å avlegge eden. Terroren ble utløst i begynnelsen av september med massakren på tre biskoper og tre hundre prester som ble holdt fengslet i klostrene i Paris.
Den lavere geistlighet ble nå landsforvist ved lov. Den 7. juli 1793 ble det ilagt dødsstraff for alle prester som nektet å dra i eksil. Ca 40.000 prester flyktet fra landet, og de fant tilflukt i nesten alle europeiske land. Men mange tusen ble igjen for å utøve underjordisk prestetjeneste med fare for sine liv. Konstitusjonelle prester ble gradvis fratatt sin offisielle status og et forsøk på å avkristne hele landet begynte for alvor. Republikken fortsatte med å utvikle sin egen sekulære religion, et produkt av Opplysningen, satt sammen av humanisme, naturalisme og nasjonalisme. Den konstitusjonelle erkebiskop J. B. Gobel av Paris, som var valgt i 1791 av 21 prester og 664 legfolk, la i 1793 ned sitt embete og bekjente seg til dyrkelsen av Frihet og Likhet. I Paris hersket nå gudinnen Fornuft. Kirken i Frankrike syntes tilintetgjort. I april 1794 ble det innført en ny kult for Det høyeste vesen. De mer absurde utslagene, som tilbedelse av Fornuftens gudinne, ble snart droppet. Men væpnet med denne ideologien kunne republikken nå forfølge Den katolske kirke som en fiende av revolusjonen for å nekte å tilpasse seg den.
Noen biskoper og prester giftet seg, mens mange flere ble drevet under jorden. Perioden fra 5. september 1793 til 26. juli 1794 har i fransk historie fått navnet La Terreur - Terroren. Da nådde politikken med «avkristning» sitt høydepunkt. All offentlig og privat gudsdyrkelse var forbudt, og prester og nonner ble stilt for retten og henrettet som «statsfiender». Ca 17.000 mennesker ble stilt for revolusjonstribunaler og halshogd. Den 16. oktober 1793 ble Marie Antoinette, «enken Capet», giljotinert. I nøyaktig ett år fra 27. juli 1793 var Maximilien de Robespierre den sterke mann. Men den 28. juli 1794 falt også hans hode for giljotinen.
Mange steder førte sjokket over statens handlinger til en reaksjon hvor folket støttet sine prester i motstand mot revolusjonen, og Nasjonalforsamlingen beveget seg bort fra sin politikk for å ødelegge Kirken til å ville skille Kirke og stat. I august 1794 gikk Østerrike, Preussen, England og Spania sammen om å angripe Frankrike, og kreftene måtte nå brukes til å møte de ytre fiendene.
Men mange prester satt fortsatt arrestert, dømt til å deporteres fra landet. Rochefort var den av havnene som var pekt ut for å sende de gjenstridige prestene til Afrika, som mottok det høyeste antallet prester som skulle deporteres. Da de kom fra forskjellige franske byer, ble de deporterte samlet i sykehus, tidligere klostre og på skip. Av de 822 sekular- og ordensprestene og 7 kristne skolebrødre som ble dømt til å deporteres, døde 547 i løpet av en periode på ti måneder i 1794/95. Tidlig i 1795 ble de 285 som hadde overlevd redslene på fangeskipene i Rochefort, sendt hjem.
I 1798 invaderte revolusjonære styrker Roma og en romersk republikk ble proklamert. Den 81-årige Pius VI ba om å få lov til å dø i fred i Roma, men han ble tvunget med til Toscana og derfra til Sør-Frankrike, hvor han døde i fangenskap. Siden skulle Napoleon «normalisere» forholdet mellom Kirken og staten i konkordatet han sluttet med den nye pave Pius VII i 1801.
Ofre for Den franske Revolusjon har blitt saligkåret i grupper på ulike tidspunkter, men den første gruppen ble ikke saligkåret før over 100 år etter konkordatet. Åpenbart har følsomme spørsmål som forholdet mellom Kirke og stat vært inne i bildet. Det nye utkastet til Martyrologium Romanum slår fast at siden den salige pave Pius IX har det blitt vanlig å salig- eller helligkåre større eller mindre grupper av martyrer sammen etter det landet hvor de ble drept, selv om de ikke alle døde samtidig. Disse gruppene av martyrer fra Den franske revolusjon er saligkåret:
De første ofrene ble saligkåret av den hellige pave Pius X den 27. mai 1906. Det var De 16 karmelittmartyrene fra Compiègne sammen med en legmann som var arrestert for å hjelpe dem.
De neste gruppene ble saligkåret den 13. juni 1920 av pave Benedikt XV. Det var De 4 vincentinerinnemartyrene fra Arras (Magdalena (Madeleine) Fontaine og tre ledsagere) og De 11 ursulinermartyrene fra Valenciennes.
Den 17. oktober 1926 saligkåret pave Pius XI De 191 Septembermartyrene, og den 31. oktober 1926 saligkåret han Abbé (sogneprest) Natalis (Noël) Pinot.
Den 10. juni 1955 ble en ny gruppe saligkåret av pave Pius XII, nemlig De 19 martyrene fra Laval.
Pave Johannes Paul II har saligkåret to grupper. De første var Den salige Vilhelm (Guillaume) Répin og hans 98 ledsagere, også kalt Angers-martyrene. De ble saligkåret den 19. februar 1984. Den andre gruppen var Den salige Johannes Baptist (Jean-Baptiste) Souzy og hans 63 ledsagere, også kalt Rochefort-martyrene. De ble saligkåret den 1. oktober 1995.