Han studerte på den lokale kommunale skolen St. Sebastian, som var overtatt av kommunen etter at Jesu Selskap var blitt oppløst, men hvor noen av hans lærere var jesuitter som fortsatte å undervise og veilede den marianske kongregasjonen. Blant dem var p. Louis Fortis, som senere ble den første ordensgeneralen da selskapet ble gjenopprettet. Gjennom dem lærte Kasper den ignatianske spiritualitet å kjenne.
Mennene i familien Bertoni viet seg som regel en juridisk karriere, men Kasper hadde prestekall, og allerede ved sin første kommunion som 11-åring fikk han en visjon og et budskap om at han skulle bli prest. Derfor begynte han i 1796 som 18-åring på bispedømmets presteseminar i Verona. Han var dagelev på seminaret mens han bodde hjemme, og i sin professor i moralteologi, p. Nikolas Galvani, fant han en utmerket åndelig veileder.
Han var i sitt første år på seminaret da franskmennene invaderte Nord-Italia den 1. juni 1796. Dette var begynnelsen på tyve år med lidelser for folket i Verona under utenlandsk okkupasjon. Kasper sluttet seg til Evangeliebrorskapet for Sykehus, som pleide de syke og sårede under ledelse av p. Peter Leonardi.
Kasper ble presteviet den 20. september 1800, ennå ikke 23 år gammel, noe som krevde dispensasjon fra både biskopen og paven. De neste 12 årene arbeidet han som sogneprest i sognet San Paolo i Verona. Dette var svært vanskelige år, hvor alle slags religiøst arbeid led under alvorlige restriksjoner fra de franske okkupantene av Nord- og Midt-Italia. Pave Pius VII (1800-23) var en stund fange i Frankrike, og Kasper Bertoni mante sine prestekolleger og sine sognebarn til å støtte paven som leder for Kirken og den hellige Peters etterfølger.
Kaper hadde en spesiell forkjærlighet for ungdommen, som han ville vinne for Kristus. For det formål grunnla han i 1802 sitt første Oratorium Marianum. Men han møtte snart motstand, som nådde sitt høydepunkt da de napoleonske myndighetene stengte hans verk i 1807. Men etter Napoleon brøt det italienske kongeriket sammen, og da blomstret de marianske oratoriene igjen raskt opp. De kan betraktes som en forløper for Katolsk Aksjon.
I denne perioden med prøvelser utviklet Kasper en dyp spiritualitet med en spesiell hengivelse for stigmata, eller Jesu fem sår. I mai 1808 ble han åndelig veileder for canossianerne, en søsterkongregasjon for oppdragelse og undervisning av unge. Han bidro også til at den ærverdige Leopoldina Naudet grunnla kongregasjonen «Søstre av Den hellige Familie». I september 1810, da han allerede hadde flyttet fra familiens hjem etter morens død, ble han forflyttet fra sognet San Paolo til San Fermo Maggiore. Der viet han seg etter ønske fra sin biskop til åndelig veiledning av prestekandidater, som han fremfor alt ville åpne for idealene til de da undertrykte ordenene. Han opptrådte som rådgiver og åndelig veileder for mange ordensfolk, både brødre og søstre, som arbeidet for fornyelsen av Kirken.
Da Napoleons styrker var blitt definitivt slått, grunnla Kasper den 4. november 1816 sammen med en annen prest og en legbror en religiøs gruppe i et hus i Verona etter forbilde av jesuittene og tilknyttet den nedlagte kirken «St. Frans' stigma» (Sacre Stimmate di San Francesco). Derfor ble gruppen kalt «stigmatinere». Kasper var en begavet predikant og startet en serie sognemisjoner hvor store mengder strømmet til. Men området var nå under østerriksk okkupasjon, og den østerrikske regjeringen, mistenksom overfor store menneskemengder, forbød misjonene. Han måtte finne andre måter for å fornye Kirken, og gruppen arbeidet med utdannelse ved åpning av et gymnas uten skolepenger og med å fremme ordenskall. Den 20. desember 1817 ga pave Pius VII ham tittelen «apostolisk misjonær».
I 1812 hadde p. Bertoni blitt angrepet av «militærfeber», trolig gul feber, og selv om han kom seg, ble hans helse stadig dårligere. Ikke lenge etter grunnleggelsen av stigmatinerne ble han lenket til sykesengen, men derfra utførte han en bemerkelsesverdig tjeneste i mange år. Han aksepterte å gi seg hen til Guds vilje gjennom betydelige lidelser, inkludert mer enn tre hundre operasjoner på hans høyre bein, som var konstant infisert. Mange mennesker kom til ham for åndelig veiledning og fikk inspirasjon av hans tro og utholdenhet. Blant dem var mange biskoper og prester og til og med keiserne Frans I (1792-1835: keiser fra 1806) og Ferdinand (1835-48). Andre var den salige Karl Steeb og Guds tjenere Nikolas Mazza og Antonius Provolo.
Den salige pave Pius IX (1846-78) lovpriste stiftelsen av kongregasjonen offentlig i 1855. Men grunnleggeren fikk ikke oppleve verken dette eller godkjennelsen av kongregasjonen, for han døde søndag den 12. juni 1853 i Verona. Han er gravlagt i kirken «St. Frans' stigma» i Verona.
Kasper ville først kalle kongregasjonen Missionari Apostolici in ossequio ai Vescovi («Apostoliske misjonærer i ærbødighet for biskopene»). Kongregasjon fikk sin offisielle tittel (Congregatio de Sacris Stigmatibus Domini Nostri Iesu Christi - CSS) først med pave Leo XIIIs (1878-1903) dekret av 1890 som ga pavelig godkjennelse av den. Medlemmene kalles Padri Stimmatini eller Bertoniani, «Patre av de hellige Sår», stigmatinere eller bertonianere. De driver skoler og sognetjeneste og hjelper biskopen med oppgaver innen sjelesorg og misjon. Pave Pius XI (1922-39) ga den sin endelige godkjennelse den 23. juni 1925. De ble i 1929 overlatt ledelsen av et misjonsområde i Kina. I dag har kongregasjonen 440 medlemmer i 78 hus i Europa, Nord- og Sør-Amerika, deler av Afrika, Thailand og Filippinene. Blant annet har ordenen seks biskoper i Brasil. Pavene Pius XII (1939-58) og den hellige Johannes XXIII (1958-63) fikk sin teologiundervisning av stigmatinere på seminaret, og en stigmatiner var åndelig veileder for Johannes XXIII.
Kasper Bertonis saligkåringsprosess ble innledet i 1906. Han ble saligkåret på Allehelgensdag den 1. november 1975 av pave Paul VI (1963-78) og helligkåret nøyaktig 14 år senere, den 1. november 1989 av den hellige pave Johannes Paul II i Peterskirken i Roma. Hans minnedag er dødsdagen 12. juni.